提到開府，後世人第一反應就是日本的幕府，實際上幕府最早出現在中國，早在漢朝時期，三公和大將軍就有開府的資格，而且這種製度一直延續到明初，在靖難之役後，開府才流於形勢，成為了曆史。
如今以朱怡成現在敏感的身份，重拾開府的確是個好辦法，但對於開府後各官職的設置朱怡成花了不少心思，同時也找來些典籍研究了一番。
經過一番推敲，朱怡成的大都督府將設置文武各職，從具體職能劃分建立起六科，這六科分別為吏、戶、禮、兵、刑、工六科，以對應朝堂的六部，各科分工明確：吏科掌官吏任用、考核及調動：戶科掌糧銀、民政、財政；禮科掌禮儀、慶典、考試、祭祀諸事；兵科負責地方兵差渚事；工科掌水利、起蓋城池、衙門、倉庫等事。
各科主官稱為大使，副職為副使。除去六科外，並設置軍中指揮使、同知、僉事、鎮撫、千戶、副千戶、百戶、試百戶、總旗、小旗等武職，以對應義軍中各級將領等級。除此之外，還設置左右長史、主簿、參軍等幕府直屬官職，以對六科和各級軍職進行製約，同時也擔任大都督的參謀團和秘書處工作。
這些官職的設置不僅參考了明朝時期王府的編製，更把明製錦衣親軍的軍職進行照搬，同時還加入了曆朝代各開府的結構，然後再糅合在一起。從目前來看，這樣的設置基本已能滿足需求，說起來隻是換個名義罷了，但至少對外宣傳上來看不像袁奇當日所做的那麽引人注目。
官職設定，那接下來就是封賞各人，可惜朱怡成手中可用的人太少，軍職的封賞還好些，朱怡成以大都督身份兼領指揮使一職，同時由董大山領同知，並封了另一個從杭州之戰就跟隨自己的老人馬功成也為同知，而下的各級官職也均有人擔任，雖然遠不足所設置的數量，但這麽一來至少已能達到整頓的目的。