一六零九年四月，朱由棟的奏章通過通政司進入內閣。內閣的兩位閣老葉向高、李三才在票擬上簽的意見是“擬按議行事，著兵部辦理”。之後司禮監這邊也飛快的批紅，並迅速轉交給兵部。
兵部拿到這封奏章後，上下官員高興壞了，走流程般的問了兵科給事中的意見並且自然沒有被封駁後，馬上就開始具體操辦起來。
到了這一年的六月，兵部拿出了整套方案：
其一，準予重新充實橫海衛，按大明祖製，將橫海衛恢複到五千六百戶標準。鑒於此時橫海衛隻有三十餘戶，所差戶數，建議由戶部協調各地方，尤其是前些年水患嚴重的河南歸德府、南直隸的徐州、淮安府等地負責湊足相關戶數。
其二，兵部重新核定橫海衛武官編製，計指揮使一，千戶五、百戶五十、總旗一百、小旗五百。以上編製，兵部負責從各軍鎮抽調傑出將門子弟擔任指揮使、千戶、百戶等官職。總旗、小旗待戶部移交戶數滿額後，由橫海衛選拔後交兵部備案。
其三，協調戶部，劃撥靖江島南岸一千頃（66.6平方公裏）沙地為橫海衛駐屯地。
其四，橫海衛自萬曆三十九年（1611）起，每年向朝廷繳納糧食、特產等，合計折銀五萬兩。這筆銀兩，全部納入兵部。
戶部在接到兵部交過來的方案後，馬上回複：前麵三條沒問題，最後一條，建議兩部平分。
然後兩個部門在經過長達三個月的扯皮後，在李三才的反複協調下，最後達成協議：兵部三萬，戶部兩萬。
至此，大明中央政府各個部門全部達成共識，橫海衛複建一事就正式的進入了具體操作階段。
在這中間，當然有禦史提出反對意見，說什麽如此置靖江百姓於何地之類的話。但是這些雜音，在北京各方大佬的集體彈壓下，也隻是濺起了一點水花，之後便了無聲息了。