雖然朝廷裏爭議很大，但是得到朱由棟反複保證的萬曆皇帝還是下旨：鑒於木邦土司家絕嗣，故而設立大明雲南布政司木邦府，下轄三縣。同時增設木邦所。由孫承宗擔任第一任木邦知府，程才勇擔任木邦所千戶。
這時候內閣裏沈一貫和沈鯉均已去職，朱賡成了獨相。老頭子一把年紀了，這麽大一個帝國如此紛繁複雜的事情一個人怎麽忙得過來？所以這會兒朱閣老正忙著和萬曆打官司：皇上，老臣都七十二歲了，一個人怎麽行？麻煩給內閣加點人。
本來萬曆也沒準備累死這位和事佬。先後讓大臣們廷推了於慎行和李廷機入閣。結果前者身體不好，沒法上班。後者東林黨人不喜歡（他們想要的是李三才入閣），任命剛發下來各種彈劾就沒停過，隻好閉門不理事……總之，年邁而孤獨的朱閣老根本沒心思在這點小事上和皇帝墨跡。在皇帝派太監來暗示後，朱閣老很快就弄好了票擬，然後順利的批紅。至此，木邦由宣慰司變為雲南直轄府遂成為定案。
在這個過程裏，最不爽的就是雲南布政司了。
沒什麽好奇怪的，木邦到底離緬甸近離昆明遠。以前是宣慰司，出了事情雲南的地方官沒責任。現在成了直轄府，這木邦的所有事情都跟雲南布政司牽扯上了關係。雲南的官員高興得起來才怪！
當官嘛，除了少數腦袋有病一天到晚想建功立業的傻瓜。誰不想平平安安的做官？把木邦拿進來直轄，萬一緬甸又打來了呢？丟失國家直轄領土，一個布政使的腦袋估計是不夠的！
所以，麵對皇帝和內閣的一致意見，雲南的官員們沒法硬頂。但是軟對抗是少不了的：那個，孫大人，我們雲南的財政從來都是不夠的，多年來一直都靠四川接濟。所以，這新增的木邦府，辦公經費啊，官員薪俸啊，駐軍費用啊啥的，都得你們自己想辦法。還有，我們雲南本來就是荒僻之地，很多縣城的知縣都是舉人擔任，進士擔任縣官的比例在大明兩京十三省裏是極低的……總之，這官我們也是派不出來的。