工藤新一是霓虹有名的高中生偵探，他的父親是拿過奧斯卡的編劇加推理小說家，母親是曾經的娛樂圈頂流女演員，而他自己也懷揣著想要成為偵探的夢想，年紀輕輕就已經被大家稱為霓虹警察的救世主。
就這樣原本應該是意氣風發，有著光明未來的青年，如今卻變成了小學一年級的小學生，靠著謊言寄住在青梅竹馬的毛利蘭家裏。
而這一切的罪魁禍首，就是他們——穿著黑色衣服的男人！
那天在遊樂園，先是經曆了被嚇暈的法術攻擊，又遭受到當頭一棍的物理傷害，最後還被人用藥想要徹底殺人滅口完成補刀。
原本以為真的會死在那裏，然而走馬燈才播放到一半，他就徹底失去了直覺。
醒過來後，全身上下都退回到了六七歲的時候。
這樣匪夷所思的事情告訴誰都不會相信，而且在那些危險分子的眼中自己已經是死人了，為了保護周圍人的安全，工藤新一化名為江戶川柯南，目前隻有鄰居的阿笠博士知道自己的身份。
變成小學生後，他重新回到了他的母校，帝丹小學就讀一年級。
雖然不知道前方麵臨的是什麽，但日子還得繼續過下去，他也沒有一刻放棄追查那些家夥的行蹤，想要變回正常的自己。
今天他跟著毛利蘭的爸爸毛利小五郎，三個人一起乘搭新幹線，前往京都去體驗溫泉旅館。
那間旅館是曾經毛利小五郎的同學開辦的，現在剛剛返修完畢。
在車上現在正好是午飯時間，他們三個人便來了電車內的餐廳，準備吃個午飯。
剛一進門，江戶川柯南就聽見了一個特別耳熟的聲音，這個聲音他一輩子都不會忘記！
在經過確認後，發現是那天在遊樂園中襲擊了自己的三個男人！
真的！終於找到你們了！
毛利蘭他們已經選好了座位，江戶川柯南因為是小孩子，完全沒有話語權，他的位置是背對著那三個男人，想要看他們在做什麽就得轉過頭，這樣太顯眼了。