誌村團藏死亡半個月後，木葉秘密組織“根”在五代目火影旗木卡卡西的主持下被正式廢除。
除了如山中風、油女取根等團藏心腹被送往伊比喜處接受調查外，大部分根的成員都被暫時封印住查克拉，集中看管起來。安置他們將是另一項耗時漫長的工作，由上忍班長奈良鹿久負責，他會以這些人的履曆、特長、受洗腦程度等等方麵作為參考，為每個人決定最合適的去處。
團藏的倒台還帶來了一些額外的影響。回到木葉後不久，卡卡西便把團藏曾侵吞寫輪眼的罪行公布於眾，並將那條手臂拿出來作為證據。這件事在村子裏引起了不小的風波，眾人回想起團藏曾經一口咬定九尾之亂是宇智波所為的嘴臉，不禁紛紛懷疑他是否早在十六年前就惦記上了寫輪眼，正好後來鼬屠殺全族，便給了他趁火打劫的機會。自然而然地，當初和團藏站在同一陣線的小春和炎也遭了連累，不論走到哪裏都被人側目而視，指指點點。這兩人憑資曆在木葉威風了大半輩子，臨到老終於落得個百口莫辯、顏麵掃地的下場，徹底淡出了大眾的視線。
紅在醫院住了三天，經綱手親自檢查後批準出院。期間卡卡西曾帶著獰貓前來道歉，在聽過了事件的原委後，這位善解人意的女忍反過來安慰了火影一番，並表示既然自己和孩子一切平安，也沒必要再重罰獰貓了。有了她的求情，獰貓得以免去被剝奪司令官頭銜的處置，改為禁閉與停薪，作為他身為暗部、卻違抗火影命令的懲罰。
至此，根的事情總算告一段落，木葉也終於恢複了長時間內不曾有過的寧靜。但卡卡西很清楚，現在還完全不是能夠高枕無憂的時候。
與真正的威脅曉和宇智波斑相比，隻會在暗地裏策劃陰謀的團藏根本不成氣候。
戰爭於一個陽光明媚的下午不期而至。