第三新東京市，NERV總部。
整座城市都被改造為迎戰使徒進攻的要塞城市，很多建築內都隱藏EVA的出入口和各種武器裝備，甚至部分地表建築，能在使徒來襲的時候跟坐電梯一樣降入地下進行緊急避難。
第三新東京市作為島國災難重建後的首都，自然吸引了大量人口定居。
然而這些居民根本不知道，這座城市從建造開始就是為了守株待兔等待使徒來襲，居住在這裏就跟誘餌沒有區別，連一國首都都變成這樣，由此可見NERV現如今的權勢。
千裏眼火種透視，幻影移形李牧已經進入第三新東京市下麵的地下都市。
傳送結束，李牧出現在地下都市森林裏。
這裏有直徑兩千米的地下空間，有地下湖泊有地下森林，深度超過兩千八百米的空間深度，上半部分是NERV總部，總部下麵就是EVA的研究所，還有最深處全球隻有極少數人知道的LCL之海。
LCL之海是生命之水，說白了就是莉莉絲流出的血是誕生生命的羊水。
類人型但是隻有上半身的第二使徒莉莉絲，就被朗基奴斯槍釘在LCL之海陷入永眠。
李牧通過千裏眼火種透視大地看到莉莉絲，再透視身體看到莉莉體內那龐大至極的能量，難以想象這樣的存在會被人類控製住，甚至就連靈魂都被抽出來轉移到克隆人體內培養成戰鬥兵器。
到底是莉莉絲太弱，還是這個世界的人類太厲害了？
能夠存活幾十億年，能夠一己之力誕生出這個世界的人類，能夠在降臨藍星的時候將第一使徒亞當和他製造的其他使徒全部重創到沉睡，這樣的莉莉絲怎麽可能被人類囚禁？
雖然按照劇情來說，人類是趁著莉莉絲沉睡給她插上朗基奴斯槍。
然後借助朗基奴斯槍的力量，將莉莉絲封印在地下深處。
如果隻是這樣，到也能解釋的通。