自由高達的事情，終究還是驚動了NERV背後的SEELE。
但是在奪魂咒的控製下，碇源堂應對自如將所有的鍋都甩給M國，認為是他們將精力放在使徒上小看了各國高層，在SEELE滲透各國的同時，各國也未必沒有滲透SEELE竊取技術。
甚至在竊取的技術的基礎上，青出於藍而勝於藍。
碇源堂的這一番甩鍋，成功讓SEELE將部分精力放在對各國的秘密調查上。
出現一個自由高達已經讓他們無法忍受，萬一出現更多自由高達，無論對於SEELE還是NERV都是滅頂之災，畢竟各國明麵上統治著全球人類，失去科技和經濟的絕對優勢，他們怎麽在幕後掌控全球局勢？
李牧這邊成功轉移了SEELE的注意力，NERV這邊也開始轉型。
雖然NERV是SEELE的附屬機構，NERV存在的目的也是最終滅絕全人類。
但是整個NERV知道這個真相的隻有極個別人，剩下的都以為他們的工作是借助EVA抵禦使徒守護人類，根本不知道他們在不知不覺間成為了推進人類走向滅亡的劊子手。
李牧用了幾天時間，借助艦載光腦完全掌控了NERV的超級電腦三賢人超級計算機係統，然後入侵掌控了全球的分係統，雖然這個世界的克隆技術和武器技術都非常高端，但是電腦技術和艦載光腦相比那就差遠了。
所以借助艦載光腦，他能秘密掌控全球所有的信息通訊。
同時在這幾天時間，他還找到了SEELE潛入NERV負責監視的所有暗子。
這些暗子，李牧全部都秘密抓捕使用遺忘咒和攝神取念洗腦。
精神汙染和奪魂咒，會因為這個世界人類靈魂的外殼和靈魂物質的作用逐漸失效。
但是直接針對記憶而不針對精神意識，那麽進行的修改就不會逐漸失效。
通過洗腦，這些SEELE的暗子全部都已經更改效忠目標。
從此以後他們傳回去的所有消息，都是李牧想讓SEELE知道的消息，他不想讓SEELE知道的事情，除非SEELE派人來NERV進行實地調查，才有可能知道NERV已經完全脫離SEELE的掌控。