明太祖朱元璋創立衛所製，采取軍屯的方式，解決了朝廷軍隊的糧餉支出問題。以至於朱八八很傲嬌地宣稱“吾養兵百萬，不費百姓一粒米。”
但到了明朝中後期，隨著軍官豪紳侵占軍屯，使得依靠軍屯為生的士兵們失去了生活來源，衛所製逐漸走向了崩潰。
朝廷既沒能力發軍餉，軍屯的田地又被兼並，士兵連飯都吃不飽，如何有力氣有精神去上陣廝殺？而這也是明朝中後期衛所兵戰力很垃圾的主要原因。
但形近崩潰，並不意味著就要推倒重來。
至少，朱由校認為現在的條件不允許。主要是沒錢沒地，安置不了那麽多下崗的衛所兵。
現在苦是苦，可還能餓不死。你一下子全裁撤了，又沒善後工作，不是逼著衛所兵造反嘛？
而且，朱由校也不準備就這麽放過那些侵權田地的軍官士紳官僚惡霸。
哦，侵吞就侵吞了，最後朝廷廢除衛所製，田地就成你們家的啦？天底下哪有那麽便宜的事情。
所以，朱由校要“清屯”，把清出來的田地分給衛所兵，安置好他們。省得有個什麽民亂，連衛所兵也跟著造反。
當然，軍屯私有化已經積弊太深，涉及到方方麵麵的利益，可謂盤根錯節，牽一發而動全身。
特別是負責“清屯”的官員，等於是跟地方官宦、士紳地主為敵，這幫地頭蛇聯合起來的勢力，相當強大。
正因為意識到“清屯”的艱巨，朱由校才把左光鬥、方震孺等大倔種，不久還有楊漣都派到地方去，幹這費力不討好的活兒。
“清屯”是有巨大的阻力，可收益也明顯哪，可謂是解決現在財政不敷的一劑良方。
曆史上的孫傳庭，得到崇禎的授權（窮得沒錢，隻能給政策），高舉“祖製”大旗，號稱“地不容失一畝，糧不容失一粒”，按照卷冊瘋狂收取軍屯土地。