朝堂之上對叛亂這件事情的態度，與孔有德所想的完全不同，並沒有發生朝堂之上，兩方人馬口若懸河的打嘴仗，爭論是剿是撫的情況，甚至這件事情，沒能在朝堂之上掀起一點波瀾。
有關叛亂的公文發發到京城之後，壓根就沒有送到崇禎皇帝手中，內閣直接批複讓山東巡撫和登萊巡撫自己解決，是剿滅還是招撫，全由他們自己決定，然後就不再管這件事情了了。
因為朝廷需要處理的事情實在是太多了，十一月初，大淩河結束，朝廷徹底戰敗，遼東的情勢更加危急，所有人都擔心，建奴會像崇禎二年一樣，趁機入關攻打京師，每個人的心都是懸著的。
為此，朝廷不斷的增兵穩定局勢，甚至連四川兵都調來了，以免建奴真的入關，到時候沒有足夠的兵力來抵抗，，上一次建奴入關，沒能攻破京師，誰也不敢保證，下一次京師依舊能安然無恙。
與此同時，陝西的流賊愈演愈烈，越剿越多不說，甚至還從陝西進入了山西地界，流賊人數也越來越多，其中以高迎祥，李自成，張獻忠，馬守應，劉國能，羅汝才，賀一龍等為賊首，流賊發展到了二十餘萬人。
本來平定流賊的行動還挺順利，在三邊總督楊鶴的帶領下，剿撫並用，卓有成效，然而崇禎三年六月，洪承疇被任為延綏巡撫，大肆殺降，很多已就撫的流賊，紛紛降而複叛，崇禎一怒之下將楊鶴下獄u，洪承疇接任三邊總督。
在洪承疇的圍剿下，原本局限在陝西的流賊，因為扛不住洪承疇的進攻，紛紛向陝西，甘肅，河南一帶流竄，而且不斷的裹挾這些地方的普通民眾，實力不斷壯大，更加難以剿滅了。
而且流賊還有進一步東進的趨勢，如若他們繼續進軍至山東境內，運河的漕運被切斷，後果不堪設想，運河可是京師的命脈，湖廣的糧食，江浙的賦稅都需要通過運河，運抵京城。