朱由崧立即分兵派將，挑選了五百名兵將重新組成欽差隊伍，這五百人主要從京師帶過來的那些兵將，朱由崧仍為禦醫，李全為禦醫助手，劉肇基為欽差，李化鯨隨行護駕。
讓賀兆雄留下來打理山寨，並交給他一項特殊的任務，除了朱由崧拉走的五百精兵外，山上現在除了兩千多莊兵，還有幾百宿州兵，以及追隨李化鯨剛剛歸順朝廷的五千淮安兵，一共還有七千餘人，朱由崧讓他以整編為名，將這七千多人全部打亂編製，形成新的戰鬥序列。
這項工作必須在一天之內完成，一天之內要整編七千人，也不是小事情，朱由崧告訴他捷徑，這捷徑是他收編高傑的部眾曾用過的招，實踐證明行之有效，這也是他的經驗之談了，具體來說就是原來的帶兵官全部留職而不掌兵，等有了新的戰功再行掌兵，七千人重新指定帶兵官。至於如何編製，完全由老頭按治理山寨的經驗說了算。
朱由崧問賀兆雄有沒有困難，老頭知道朱由崧這樣做的用意，五千淮安兵剛剛投誠，怕他們中途變卦，或有二心之人從中做梗，壞了大事，於是把胸脯一拔：“陛下，要是連這點事兒都辦不成，這麽長時間的山莊之主就白幹了，也不配稱什麽鐵臂蒼龍，陛下就一萬個放心，按陛下的意思擺弄這幾千人半天就能完成，介時帶兵官全部都將是山莊的兵將，也就是老朽的親信，不會有半點差錯。”
朱由崧讚許地點點頭。
看看李化鯨等人不在近前，老頭湊過來壓低聲音不無擔憂道：“陛下，此去淮安非同尋常，老朽與李化鯨雖然有深交，但知人知麵不知心，今天老朽出於義氣保他活命讓他為朝廷效力，但人都是會變的，老朽不敢保他對陛下永遠忠心，要是萬裏有個一，後果就不堪設想，陛下是不是多些帶人手，五百人馬太少了……”