可是朱由崧知道，要收拾眼前這個爛攤子決不能逞一時的匹夫之勇，必須講些策略，但是一味地韜光養晦練氣自強決不是上策，即便是有足夠的時間，單獨靠他一個人的文治武功也根本不可能下活這盤棋。
朱由崧不是個不學無術的狂妄之輩，作為一個二十一世紀受過高等教育的文史生，當然知道曆史是一麵鏡子，現在南明的形勢比一個月前更甚，他可不認為剛剛穿越過來的自己在這個位置上會比剛剛吊死在煤山的那位明思宗做得更好，朱由檢屍骨未寒，他不能重蹈他的覆轍。
對於這個崇禎帝朱由崧是相當了解的，別看在他的任期內亡了國，但崇禎帝可不是個昏聵無能的君王，相反他是一個很有作為的皇帝，即位後大力鏟除閹黨，勤於政事，節儉樸素，事必躬親，六下罪已詔。雖然在他身上有這樣那樣的缺點，但大明走到今天這一步，不能完全歸咎於他。他隻是在明末熙熙攘攘的泥潭中掙紮的一個，這個泥潭積重難返，事實證明單靠他一個即便有天大的本事也無力回天。
朱由崧清楚，要收拾眼前這個爛攤子，首先得想辦法穩住時局，也即是在江南站穩腳跟，然後才有可能經營南明，發展經濟，兵強馬壯時再圖北定中原，驅除韃虜，一統華夷。
但要穩住時局，擋住清軍南下的鐵蹄，必須加強中央集權，現在南明還有上百萬軍隊，隻要這些文武大員同仇敵愾，八旗兵想打到江淮來也不是容易的。然而這些權臣和軍閥，鬼頭蛤蟆眼的都不鳥他這個皇上，各自心懷鬼胎，結黨營私，賣官鬻爵，朋比為奸，要徹底改變這個現狀必須得消除黨爭，要消除黨爭必須先清洗廠衛，但是要清洗廠衛，必須得搬開馬士英這個野心勃勃的絆腳石。
然而現在的馬士英已經成了氣候，身為鳳陽總督的他手下五萬大軍直接聽命於他，他一手提拔起來的阮大铖現在是兵部右侍郎，還有操江提督誠意伯劉孔昭，京師提督趙之龍，保國公朱國弻，河南巡撫越其傑等等勳臣均是他的死黨，更厲害的是他的兒子馬鑾現為錦衣衛都指揮使，就連司禮監掌印太監韓讚周也暗中跟馬士英走得很近。因此馬士英可謂樹大根深，權傾朝野。