但是史可法一想到自己與馬士英一黨向來不睦，毫無瓜葛，身正不怕影子邪，陛下又這麽善惡分明，最近處理的幾件事英明而果斷，應該不會誅連無辜，因此心裏稍稍安定些。
果然朱由崧沒有拿他說事，而是讓六部之首的吏部尚書徐石麒配合他，立即著手整肅經營和操江水師，該補發餉銀的由內帑支出補發餉銀，不準拖欠一兵一卒半兩銀子的軍費，該撤換的撤換，該調防的調防，該羈押的羈押，該砍頭的也毫不留情。
由於馬黨剛伏法，怕引起京營兵和水師營的動**，朱由崧按照首惡者必辦，協從者可以不問的原則，告訴史可法和劉宗周，馬黨罪魁禍首們均已伏法，此次整肅不可誅連太廣，在整肅的過程中，由左右都禦使左懋第和劉宗周全程監督，讓祖海帶錦衣衛密切配合，司禮監秉筆兼禦馬監掌印李國輔負總責。
錦衣衛都指揮使鄭鴻逵當然不能閑著，馬士英、阮大铖、趙之龍、朱國弻等雖然已經伏法，劉孔昭在押，但事情還遠沒有完，這些人的家屬黨羽須羈審。得由他負責審清問明後，是殺是放，拿出個具體方案。
查抄這幾個大員可不是小事情，因此，朱由崧讓吏部、禮部、戶部和刑部配合鄭鴻逵處理此事。
這次獨沒有給盧九德安排任務，但這個提督東廠的掌印太監很是老練，一點也不著急，知道皇上有自己的打算，朝堂如此換血，事情多著呢，皇上絕不會忘了自己。
果然，朱由崧將這些文武大員打發出去後，獨把盧九德留了下來，“朕交給你一項重要的任務，命你為河南總督，代表朕到睢州住上幾天，慰軍督師，記住不準欠軍費一兵一卒，一兩一文，朕給你撥付軍費一百萬兩由內帑支付，連同整肅之後的兩萬京營兵歸你調度，軍隊和軍費隨後就到。”