登州失陷後，孫元化身陷囫圇，山東巡撫餘大成卻束手無策，整日隻知閉門修齋誦經，被人譏諷為“白蓮都院”。
崇禎五年正月十三日，叛軍整編兵力，自登州出兵，攻破黃縣。餘大成被革職，被押往京城治罪，尚在登州的孫元化也被革去登萊巡撫的職務。
二十九日，總兵楊禦蕃率通州兵、王洪率天津兵與叛軍在掖縣八十裏外的新城鎮接戰，當時叛軍有騎兵五千名、步卒萬餘，明軍隻有騎兵不足一千、步卒不足四千，結果王洪的天津兵未戰先潰，叛軍取其火炮攻擊楊禦蕃。明軍最後星散四潰，僅楊禦蕃率親兵三百人退抵萊州。
二月初一，朝廷新任命的山東巡撫徐從治和登萊巡撫謝璉雙雙抵達萊州。
三月二十七日，兵部侍郎劉宇烈以督理的身分誓師從京城向萊州進，共調集薊門、密雲等地的援兵和義勇鄉兵，馬步兵共計二萬五千，隨行的還有崇禎特特意撥付的六門紅夷大炮，朝廷的援軍向萊州雲集。
或許是夏天南的蝴蝶翅膀起了作用，叛軍沒有像原本曆史上那樣圍攻萊州，而是兵分兩路，繞城而過，李九成率兵攻打平度州，孔有德率兵攻打棲霞，讓徐從治和謝璉兩大巡撫迎了個空。鑒於楊禦蕃和王洪的前車之鑒，萊州城守軍在劉宇烈大軍到來之前，不敢出城與叛軍野戰，隻能眼睜睜看著周圍州縣被一個個攻下，求援的書信雪片一樣送到萊州，卻無能為力。
叛軍沒有按原來的曆史攻打萊州，反倒因禍得福，避免了被萊州拖住全部兵力，與朝廷重兵正麵決戰。在攻打州縣的過程中，李九成等叛軍將領不僅撈的盆滿缽滿，叛軍的兵力也像滾雪球一樣愈壯大，到了三月初，整個山東東三府，除了萊州城，已經全部是叛軍的天下。各處的官員不僅被屠戮一空，富商地主也是家破人亡，農民佃戶都被抓了壯丁，大片良田成了無主之地。