在李幼滋這個工部尚書積極負責官邸的設計與建造期間，少師兼五軍都督府知樞密院事方逢時也已完成了對樞密院的組建工作，初步訂立了樞密院與兵部各自在軍事上的分工，也建立了初步的樞密院相應政務的運行製度。
本來是在兵部下轄兵政院進行學習的原貴州巡撫江一麟、雲南左布政使金學曾、安慶知府葉夢熊等，直接就因此被方逢時奏請得皇帝同意而提前畢業，直接到樞密院任職；
而且，本是在後軍都督府任僉書負責訓練兵車營與在京衛武學負責訓練武將的俞大猷，也被方逢時奏請得皇帝同意，以樞密副使的身份在樞密院任職；
另外，方逢時還從兵部抽調了一些人，以此，組建起了樞密院的基本框架。
因為樞密院是五軍都督府下轄掌軍機之處，故而方逢時就以此為由，吸納了武將俞大猷進入樞密院體係，參與武臣銓敘。
而方逢時讓俞大猷進入樞密院，既是因為他同張居正一樣重視武將，也因為他知道俞大猷在浙江打過仗，還任過浙江總兵官，而有意借助俞大猷對浙江武臣體係的了解，盡快達到在浙江抓走一大批因是江南豪紳家奴背景的武臣後，能迅速起用一批武將而填充浙江整個武臣體係的目的。
與戚繼光不同，俞大猷不善於與文臣打交道，所以導致他屢次在仕途上受挫，也就使得他的許多舊部也因他的境遇不好而多被革職。
如今方逢時則有意讓俞大猷有薦舉自己舊部被重新起用的機會。
在方逢時看來，俞大猷是清廉忠直的，那其舊部也應該差不了多少。
俞大猷自然也願意拉自己舊部一把，便遵從了方逢時的鈞示，舉薦了自己不少可靠的舊部去浙江充任空缺下來的武臣官，乃至在西南的一些處於空缺狀態的武臣位置。
如此一來，因為江南豪紳拉攏張黨內部一些貪官汙吏，導致浙江和西南地區的許多武臣位置被安插了許多他們的人後，而被朝廷進行清理一空，造成的地方許多武臣位置空缺的問題，被迅速得到了解決。