雖然小笠原長時在村井城外接連討取了岩崎勝秀、栗原正清和今井虎意三名武田家一門重臣，但是好景不長，緊隨而來的武田晴信隨即親自調動麾下的旗本眾、足輕眾對小笠原軍發起猛攻。
小笠原長時由於麾下兵力寡少，逐漸處於不利的局麵。不僅如此，小笠原長時麾下的猛將草間肥前守、泉石見守等人也先後被武田軍所討取。
而泉石見守是小笠原家中最擅長弓術的家臣，名氣頗盛。隨著他的陣亡，小笠原軍瞬間士氣跌落穀底，很快便被武田軍擊潰了。小笠原長時在損兵折將後自知不敵武田軍，隻好放棄村井城，直接逃到其本據林城，固守待援。
小笠原軍在鹽尻嶺、村井城之戰的相繼戰敗、損兵折將，使得築摩郡的瀨黑城、淺間城、塔原城、青柳城、萬西城、島立城、西卷城、桐原城、大城等地的守將不是望風降服武田，就是棄城而逃。這就使得身在林城的小笠原長時處境更加岌岌可危起來。
最後，小笠原長時見大勢已去，經過再三權衡之下，決定暫時放棄自己的本據林城，前往家臣二木重高位於安曇郡的中塔城（中洞城）以此來躲避武田軍的兵鋒，從長計議。而中塔城是位於山穀之中，易守難攻，城內的糧草輜重也可撐數年之久，完全可以堅守待變。
隨後，武田晴信便率軍進入了空無一人的林城。為了不讓小笠原長時再次重返林城，從而根絕後患，武田晴信便下令將此城拆除。同時，武田晴信還將林城不遠處西北方的深誌城進行大規模的普請改修，意圖將此城作為武田家在信濃中部地區的一大重鎮。至此，東築摩郡大部分也落入了武田晴信手中。
之後，小笠原家家臣們見小笠原長時放棄本據林城而逃往中塔城之後，便紛紛開始自謀出路起來：重臣三村入道投降並出仕武田家；會田幸久逃往武藏，出仕太田資正；赤澤經智逃往越後，出仕越後上杉家······