十一月末，艾能奇帶領的三萬大軍，在清軍的圍堵剿殺之下全軍覆沒，艾能奇壯烈犧牲。
十二月上旬，清軍攻入成都。洪承疇看著滿目瘡痍的成都城，搖頭歎息半晌，下令追擊大西殘餘軍隊。
孫可望等人一路逃竄，先去了重慶府，轉而經瀘州到東川，再繼續逃往雲南。
消息傳回南京，李存明看著地圖，道：“韃子占領了重慶，既能守衛成都，又能東邊威脅到湖南地區，西邊扼製住雲貴兩地咽喉。朕不能坐視不管，奪回重慶，才能挫敗韃子的戰略意圖，讓清兵龜縮在川蜀之地。”
而後又問：“為何張煌言和李過遲遲不發兵？”
閆爾梅道：“張煌言來信，說軍糧一直未能如期送往軍中，他和李過不敢輕易犯險。”
李存明眉頭緊鎖，道：“朕不是責令湖廣總督何騰蛟運送糧食去往貴陽嗎？何騰蛟怎麽當差的？”
“臣已經發下公文詢問何騰蛟，具體情況應該很快就能弄清楚。”閆爾梅回答道。
正說著，一個小太監來報：“陛下，畢登輔在上書房外求見，看樣子很著急。”
李存明隻得離開通政司，命人將畢登輔請到乾清宮來。剛一見麵，畢登輔哭泣道：“陛下，臣的叔父快不行了，他讓臣來告知陛下一聲，想在臨終前見陛下最後一麵！”
“啊！”李存明大驚失色，叫道，“怎麽會這樣？”
畢登輔道：“臣的叔父本就年老多病，自從在徐州見了陛下之後，一直主持工匠們製造各類火器，身體耗損得厲害……”
“快，帶朕去見畢愛卿！”李存明慌忙往外走。
來到軍事院，走進畢懋康的臥室裏，隻見他昏昏沉沉躺在**，額頭上敷著一塊熱毛巾。畢懋康形容枯槁，已然到了油盡燈枯的地步。
李存明走到病床前，感傷不已，坐在床邊拉著畢懋康的手，輕聲喚道：“畢愛卿，朕來看你了！”