畢懋康的棺槨葬入賢良祠後，軍隊已經做好了充足準備，糧草也就緒了。李存明便頒下詔書，決定禦駕西征。
這一次西征的戰略意圖十分明顯，一是從韃子手裏奪回重慶府，阻止滿清朝廷占據雲貴地區；
二是招降大西殘餘軍隊，徹底將最後一支農民軍主力部隊收為己用，整合漢人抗清力量。
倘若能收服大西軍，則意味著縱橫二十餘年的農民軍徹底退出曆史舞台，同時也意味著國內矛盾基本緩和，如此才能騰出手來一致對外。
太子還在開封城曆練，李存明並不打算詔令太子回南京監國，而是讓閆爾梅坐鎮南京，總領全國政務。
周皇後表示擔心，道：“陛下，您禦駕親征，太子又不在都城，萬一天有不測風雲，該當如何？”
李存明道：“皇後所思所慮不無道理，但朕心意已決，堅持禦駕親征，且不會讓太子回來監國的。太子乃是未來之君，不趁著年輕曆練出非凡本事，更待何時？”
繼而又安慰皇後道：“朕創立了通政司之後，行轅所到之處，便是朝廷中樞所在之處，身在前線也能牢牢掌控朝廷局勢。再說了，朕隻是坐鎮前線，並不親自上陣殺敵，不會有什麽危險的。”
話雖如此，李存明還是做出了安排，委婉告訴閆爾梅，要保護好朱慈炯的安全。
閆爾梅何其聰明，立即領會在心。隻是這種事情涉及到皇家權力最為隱秘敏感的核心部分，他隻是安排錦衣衛暗中保護定王殿下，表麵上若無其事，也不置一詞。
李存明又調回劉文炳及其軍隊，命他拱衛南京城。國內之事安排妥當，三天之後舉行了出兵儀式，皇帝便帶領著十五萬大軍西征。
軍隊水陸並進，地方官員們紛紛前來迎駕。李存明不勝其煩，且擔心耽誤行軍速度，特意讓夏完淳去應付官員們，自己則極速趕路。