案件很快被移送到法院，由於這是一起量刑應判死刑的嚴重刑事犯罪案件，根據規定，一審法院必須是江口市中級人民法院。但是，審判法官在審閱卷宗和多次提審後，認為認定黃元斌殺人犯罪的證據不足。在公檢法三家多次商討後，爭議較多，意見仍不能統一。在這種情形下，提請省高級人民法院調卷評判。在省政法委員會的協調會上，盡管公安部門表示了強烈的不同意見，但穩健派的意見仍然占了上風。這就是盡管黃元斌有重大作案嫌疑，但在硬性證據不到位的情況下，作為死刑案件，仍以不判為好，萬一失錯，人死不能複生，後果非常嚴重。結果，省高級人民法院維持了市中級人民法院的意見，判決黃元斌無罪釋放。憑借著一紙判決書，黃元斌從看守所回到了北皋市江防鄉的家中。
雖然已事隔多年，但這起案件的偵查，在我們每個人心中都留下了深深的傷痛，回想起來，至今仍不能安然。事後，我們在內心進行過無數次的反思和檢討，分析過失敗的原因，總結過挫折的教訓。它以實際結果嚴厲警示我們，在刑事偵查上，不能用通常的思維方式應對狡詐的犯罪分子，工作措施要縝密得無縫無隙，證據獲取要處處料敵機先，訊問中要不急不躁，寧可假以時日，切不可急於求成。普遍性的經驗要總結記取，個案的特殊性表現更要警覺、重視。無勇，不能鬥敵，有謀，方可製敵。不用諱言，我們在反思總結、嚴於責己的同時，對那些墨守成規、不知變通，囿於自身利害立場的人們，也頗有微詞。在有些人看來，昨日之事已如過往煙雲，不足為慮。在這種情況下，我也隻能如此著想：但願這種事在明天不再發生。
兩三個月後，我因事到江防鄉一帶工作。在向派出所了解了一些情況後，我決定到黃元斌家看一看。當我到達時，黃元斌的母親在屋前的場地上哄趕雞鴨，見到我這個不速之客登門，不禁怔了一下，但馬上認出了我，臉上露出了明顯的不快和不安。當我說明來意後，她無奈地把我讓進家門，並把在田裏勞作的兒子大聲呼叫回來。