第二天，對黃元斌實行了刑事拘留。關進看守所後，他又回到了起點，承認了自己的犯罪。理由是你們能逐步升級把我關起來，說明已經掌握了證據，既然蒙混過不了關，還是爭取有一個坦白從寬的好態度。在以後的日子裏，包括在執行逮捕的兩個多月中，他一直交交翻翻、翻翻交交，重複著以往的故事。
在此期間，黃元斌的姐姐、姐夫也被押來北皋。在被審查的兩個月時間裏，黃元斌姐夫說清了一月三日傍晚黃元斌到沙洲港後的情況。他說：在第二天臨走時，看到黃元斌把一個用手帕包著東西交給了他姐姐。而其姐姐在審查中，始終拒不承認黃元斌有什麽東西交給了她。
麵對偵查工作日趨複雜的局麵，我們思考再三，決定將黃元斌的血液送北京進行DNA檢驗。當時，這項由英國人首先作為法庭證據使用的新技術剛剛引進我國，稱之為“遺傳指紋”。由於儀器價格昂貴，全國隻有一家即公安部第二刑科所才能開展此項檢驗。雖然我國當時還沒有法律規定，DNA的檢驗報告可以作為刑事犯罪的證據使用，但是，我們希望通過這項檢驗，用以佐證黃元斌的交代，能夠在證據分析中起到支持和參考作用。
那時候，DNA檢驗技術遠不如現在這麽先進成熟，檢驗儀器龐大，程序複雜，在五、六天的時間裏，我們每天都能接到北京送檢人員的電話。
第一程序檢驗結束，相同；
第二程序檢驗結束，相同；
第三程序檢驗結束，相同……
直到最後一天，情況發生了變化：最後一個程序檢驗完成，結果不相同。
DNA檢驗的最後結果，使偵查工作陷入了更為複雜的局麵。表麵上指揮部的領導都不動聲色，但每個人的心裏都在不停地掂量這個案子的發展趨向。坦率地說，在我內心，也進行過無數次是否的考慮，羅列過認定的證據和否定的理由，並對這些證據和理由反複進行過比較和權衡。我認為，如果拋開黃元斌的口供，認定黃元斌作案的直接證據確實不足；但依照黃元斌哪怕是曾經多次翻案的口供，都不能排除黃元斌是本案的重大嫌疑人。我看到陳玉林在這個問題上黯然無語的神態，我知道他心存猶疑。從張武千方百計地追尋證據的作為，我知道，他對黃元斌的作案沒有動搖；而郭笑和馮忠則觀點明確，不要為黃元斌狡詐的假象所蒙蔽，DNA的檢驗技術並不成熟，現在又找不到第二家複核單位，其準確性值得推敲。