軍官和士官們則將俘虜跪地排好，麵向日本的方向，然後用軍刀逐個斬首，最凶狠的做法是從頭往下劈將身體豎斬為兩爿。有的軍官還提著鮮血滴瀝的首級拍照留影。即使是鋒利的軍刀，砍了多人後也要卷刃，軍官們紛紛大叫：“日本的軍刀還需要改良！”
後來抓到的俘虜太多了，就把他們手腳捆起來扔進戰壕，澆上汽油，然後往戰壕裏麵扔繳獲的木柄手榴彈。
也有的日軍把俘虜們頭挨頭、腳挨腳像竹排似的綁好躺在馬**上，然後開著卡車來回碾壓，這種節約彈藥和時間的方法立刻得到了上司的表揚。
這些被俘的中國軍人個個表情麻木，對周圍的一切不聞不問，沒有人試圖逃跑，也沒有人掙紮反抗，似乎就是死也不能打動他們的心，就像一群癡呆的綿羊等待著挨宰的屠刀。
竹崎心想：“隻有軍刀上的缺口，還能說明支那人的骨頭是硬的。”有人對他說：“不想拿支那人的腦袋試一試刀法嗎？”但他沒有劈斬俘虜，這倒不是因為憐憫，喪失了武德的支那軍人不值得武士去憐憫，他隻是認為殺害這些毫無反抗意誌的蠕蟲會玷汙了這把寶刀。
竹崎廉誌手中的軍刀為日本著名的“秋廣”名刀，四兄弟成年後各持一柄，這些刀有上百年曆史，是祖傳寶刀，因此倍加珍惜。
侵入南京城後，緊跟著上級就下達了掃**命令，以徹底消滅殘留的中國軍隊和警察。日軍挨家挨戶搜捕“可疑分子”，對穿皮鞋者、臉被曬黑而腦門潔白者（因戴軍帽）、神態極為機警者、腳底板厚實者，都作為“便衣兵”予以扣押，再運送至規定的地區集中屠殺。發現某地區棄有成批槍支、彈藥、軍服時，即在附近民宅反複搜查。
街道上散落著許多中國軍隊丟棄的手榴彈，日本兵們便撿起來扔到**邊的屋子裏，城內不少地方都響起了爆炸聲，有的屋子跑出居民來，立即被當場射殺。不少地方燃起了大火，這是日軍為了節省子彈，將成群的中國人關押在倉庫或樓房內，鎖上門然後再點火。