羅振玉就像熱鍋上的螞蟻啃骨頭。
伯希和公布敦煌文書後，他就開始緊張的研究工作。時間不長，爆發辛亥革命，混戰中，各地紛紛獨立，大清朝廷瞬間崩潰，統治範圍萎縮到故宮彈丸之地。羅振玉對清廷忠貞不貳，時局混亂，知道北京再難以立足，打算潔身引退。正在這時，大穀光瑞的使者來勸說他到日本“避難”。
他與大穀光瑞素不相識，隻知道他在日本有影響，且與孫文交往密切。考慮再三，沒有答應。接著，內藤湖南、狩野直喜等人聯名寫信邀請他到日本繼續研究工作。羅振玉答應了。這年冬天，他和女婿王國維一起舉家東渡日本。同時，大量藏書和古物也運往京都。
他們暫住在京都田中村，然後在京都大學附近築起“永慕園”和“大雲書庫”。除與內藤湖南、狩野直喜等人文字交往以外，大部分時間閉門不出，埋頭於甲骨文、敦煌遺書和漢簡等古典文藉的整理研究。同時，不斷寫信請求伯希和提供敦煌文書全套資料。
去年，羅振玉就計劃刊印伯希和所得敦煌遺書，在端方介紹下，他委托商務印書館董事會主席張元濟影印。同年春天，張元濟從上海啟程，遊曆歐美、日本等十一國，考察教育事業。秋天，他拿著北京方麵介紹信經意大利前往巴黎，與伯希和交涉敦煌文獻出版事宜。當時，伯希和正處於同行的強烈攻擊之中——原來，伯希和因為東方學成就，特別因敦煌文獻獲得極大榮譽，目中無人，驕傲自負，除了將繪畫、塑像等藝術品在羅浮宮以伯希和為名的大廳展出而外，其餘大量珍貴文物一直鎖在巴黎國立圖書館東方部的一間黑屋子裏，鑰匙由他自己掌管。學者焦急地期盼刊布探險成果，但是，幾年過去，他連一份文書目錄也沒有編製。學者開始產生懷疑，伯希和為什麽不開始研究工作，反而幫助斯坦因整理漢文敦煌文獻？為什麽不讓學者們看他的探險成果？