宜昌的濃煙和黑血，並沒有因為勝利而散去。
６月中旬的一天，日本東京正在進行由天皇裕仁主持的高級軍事會議。
天皇裕仁說：“本土石油儲備出現危機，為了應對危機，盡快結束對華戰爭，建立東亞新秩序，使中國成為太平洋戰爭的後勤基地，我們今天再度進行討論。目前，我們已經采納了日本海軍和中國派遣軍提出的發動宜昌作戰，開展新攻勢，打壓重慶政府，以城下之盟來結束戰爭的建議。但是，現在奪取宜昌出了問題，大家說說看，怎麽辦才好。”
日軍大本營陸軍參謀總長說：“我們必須把宜昌作為航天空兵轟炸重慶極具戰略價值的中繼基地，必須不惜一切代價占領此地！”
海軍司令部長官說：“占領了宜昌，為海軍參與中國西部戰役，並取得決定性的勝利，提供最重要的中繼基地。宜昌的意義，勝過長沙和武漢！”
日本天皇裕仁問參謀總長：“你們陸軍難道就沒有辦法重新奪取並確保宜昌嗎？”
陸軍總長說：“請天皇陛下給我三天時間，我保證收複宜昌。”
會後，大本營陸軍部參謀總長立即向中國派遣軍下達重新攻占宜昌的命令。
………
日軍第十一軍16日23時收到收複宜昌命令。
此時，日軍的後衛部隊剛剛到達土門。接到命令後後衛變先頭迅速回返。
陳誠率部趁日軍撤退之機克複宜昌，萬萬沒有想到日軍會殺回馬槍。日軍突然回擊，城內工事被日軍全部破壞，守軍不支，宜昌再次淪陷。
宜昌失守，對中國政府精神上的打擊是沉重的。
蔣介石說：“宜昌失守，是中日戰爭以來，我感到最困難的時刻到來了。”
1940年7月，長江上遊江防軍總司令郭懺被撤職，吳奇偉任江防軍司令。蔣介石為鞏固重慶門戶，重新恢複第六戰區，“確保重慶中央陪都安全，阻敵西犯”，由陳誠任司令長官，以防守長江兩岸為重點，左接第五戰區，右鄰第九戰區，戰區長官部設在恩施。