薩迦寺始建於前宋熙寧六年，其時薩迦貴族昆氏後裔昆·貢卻傑布偶然見奔波山南側土呈白色，有光澤，現祥瑞之相，於出資起建薩迦寺，傳承道果教法，始創薩迦教派。因著薩迦寺以象征文殊菩薩的紅色、象征觀音菩薩的白色和象征金剛手菩薩的青色來塗抹寺牆，故而俗稱“花教”。貢卻傑布雖然執掌薩迦寺，卻仍舊是昆氏族長，一生未曾受戒，圓寂後傳位與其子貢嘎寧布，故而曆任薩迦寺主，皆傳承僧俗兩宗。貢嘎寧布完善教法，薩加派奉為初祖，尊稱“薩欽”，也即薩迦大師。貢噶寧布的次子索南防摩為薩迦二祖；三子紮巴堅讚主持薩迦寺五十七年，為三祖；四子貝欽沃布的長子薩班貢噶堅讚，或稱薩迦班智達，為四祖。
蒙古初興，即欲派兵入吐蕃，又顧忌雪域高原行軍不易，因此領兵大將闊端先行召見在吐蕃各教派中最負盛名、信徒最多的薩迦派法王。四祖薩班貢噶堅讚率侄子八思巴赴涼州拜見闊端，以吐蕃歸順蒙元為條件，達成協議，使吐蕃得免戰禍。蒙元入主中原之後，忽必烈大汗封八思巴為帝師，賜玉印“命統天下釋教”，並統領吐蕃十三萬戶，薩迦由此成為吐蕃王城，薩迦寺也由此成為吐蕃王寺，淩駕於諸寺諸派之上，每至春夏季節，總有無數朝聖者前來禮佛。
薩迦寺其實分南北二寺，分據仲曲河兩岸，北寺為始建之地，八思巴執掌吐蕃王政之後，事務煩瑣，屬官繁多，於是又命薩迦本欽（按：意即薩迦執政官）釋迦桑布於仲曲河南岸興建南寺，仿照漢地城池樣式，高牆深溝，壁立千仞，寺內供奉三世佛並諸法王靈塔，殿堂寵偉華美，大經堂據說可容萬人誦經。正殿之中，樹有四十根合抱粗細的大柱，其中最著名者，乃是忽必烈大汗所賜的大汗柱、傳聞由猛虎負載而來的猛虎柱、由野犛牛用角頂載而來的野牛柱、由海神送來的黑血柱，這四根神柱，據稱能伏魔鬼，能衛佛法，凡有大法事，都會特別祭典一番，又有不少深信其事的信徒，想方設法要在禮佛之後親手摸一摸這四根神柱，以袪除病鬼惡魔。