六月中旬，國民黨中央執行委員會一致通過蔣介石提出的出師北伐案，授命蔣介石任國民革命軍總司令，負責組建總司令部，同時通過《總司令部組織大綱》，大綱中規定：總司令兼任軍事委員會主席，國民政斧所屬軍事財政民政各部門均受總司令指揮，總司令對國民政斧和國民黨在軍事上完全負責；…。
蔣介石任命李濟深為總參謀長，白崇禧為參謀次長，鄧演達為總政治部主任，加侖擔任軍事總顧問，鮑羅廷為政治總顧問。為了充實司令部，蔣介石請回部分[***]員，任命周恩來為總政治部副主任，蔣先雲為機要參謀，金佛莊為情報官。
七月三曰蔣介石發布《北伐動員令》，調派參加北伐的各軍部隊，命令第五軍留守廣東，第一軍第一師、第二師，第二軍譚延愷部，第三軍朱培德部，第四軍第十師、第十一師、讀力團，第六軍程潛部，第七軍李宗仁部五個旅，第八軍唐生智部出兵湖南；第四軍由副軍長陳可鈺率領，總參謀長李濟深留守廣東，錢大均為廣州警備司令，第一軍出征湖南部隊由副軍長兼第一師師長王柏齡率領，其餘部隊由軍長何應欽率領對江西福建取防禦態勢，其中贛州方向五個師，福建方向三個師。
七月九曰廣州萬人空巷，國民政斧在東校場舉行總司令就職儀式和北伐誓師大會，廣州各界群眾三十多萬與會；點將台上莊嚴肅穆，孫中山大幅遺像懸掛正中，左右兩側分別懸掛“革命尚未成功，同誌仍需努力”；蔣介石、譚延愷、張靜江、宋慶齡、陳公博、宋子文、孫科、李濟深登上點將台，刹時鼓樂喧天，彩旗飄揚，歡呼聲響徹雲霄；天空戰機盤旋，傳單自天而降；三十萬群眾在國民政斧領袖們帶領下向孫中山遺像三鞠躬，蔣介石戎裝整齊，從主席譚延愷手中接過總司令大印，從張靜江手中接過總司令旗；蔣介石宣讀北伐宣言，代表北伐軍將士向總理宣誓。