廣州起義流產後，孫中山受到了清政府的通緝。廣州當局在全城發布了通緝令，懸賞捉拿孫中山等人，並且在各重要路段、碼頭都派人監視，要捉拿造反的主犯。
孫中山臨危不懼，在遣散起義軍、銷毀文件、安排好起義的善後事務之後，化裝成苦力，從容地經由鬧市區到達碼頭，然後乘船經過順德到了香山的唐家灣。之後，他又乘轎子到了澳門。
在澳門待了一天後，他男扮女裝，在朋友飛南第的陪同下，於1895 年10 月29 日搭船到了香港。
但是，香港當局宣布，五年內不準孫中山入境。於是，在香港待了幾天之後，孫中山就被迫離開香港。
11 月2 日，孫中山帶著陳少白、鄭士良由香港出發前往日本。從此，前後一共十六年，孫中山一直流亡海外，為革命奔走。
一到日本，他們就看到有關廣州起義的新聞報道。雖然他們不懂日文，但從報紙用的漢字，他們也多少能猜出一些意思。
有一條消息宣布“中國革命領袖孫逸仙到了日本”。
“革命”一詞，日文的發音是kakumē，用中文拚讀就是“革命”。這兩個字的本義，在中文裏是“變革天命”，具體內容指改朝換代，通俗的理解就是反對者取皇帝而代之。
在這之前，孫中山沒有采用“革命”這個詞，而用了“造反”“起義”“光複”一類說法。現在，他敏銳地發覺，這個傳統的中國術語包含了現代的意義，又具有古老的權威性。他想起“湯武革命，順乎天而應乎人”的話，覺得很合自己的想法，便決定，“今後，我們就稱革命黨”。
他們三人繼續前進，不久就到了有眾多廣東人居住的橫濱。憑孫中山過去的關係，他們在這裏安頓下來，並結識了華僑馮鏡如、馮紫珊兄弟，成立了由馮鏡如擔任會長的興中會橫濱分會。在橫濱，孫中山剪掉了發辮，脫去了長袍馬褂，以表示與清朝徹底決裂。