1900 年，八國聯軍侵華。孫中山決定利用這一機會發動起義。夏天，孫中山偕日本友人宮崎等人，往來於日本、新加坡等地，布置在廣東惠州再次發動起義。
7 月16 日，孫中山自日本前往香港。由於香港當局不準他登岸，他便在船上召開了緊急軍事會議。會議決定，以會黨為主力，在惠州發難，然後沿海東進。起義由鄭士良指揮，史堅如、鄧蔭南在廣州響應，楊衍雲、陳少白在香港負責辦理接濟軍工槍械。其後，畢永年再赴長江流域聯絡會黨，孫中山則轉回日本，再去台灣，然後伺機潛入內地。
9 月28 日，孫中山抵達台灣，在台北建立了起義指揮中心，並招聘了一批軍事人員，等起義軍進抵廈門時進行接應。
當時台灣的日本殖民當局為了達到在福建沿海擴張侵略勢力的目的，日本駐台總督兒玉源太郎和民政長官後藤新平假裝同情和支持孫中山惠州起義的計劃，答應起義後給予幫助，在海豐、陸豐供應武器。孫中山自然很高興，命令鄭士良提前發動起義。
早在年初，鄭士良就集合了起義軍六百多名，槍三百多支，指揮部設在馬欄頭村的一間油房裏。為了保密，鄰鄉的農民進了山寨之後一律不許出山。因起義等待時間太長，糧食告缺，鄭士良留下八十多人駐守，遣散其餘民眾等待時機。此時已有風聲逐漸外泄，說三洲田有亂黨數萬人，準備揭竿而起，引起清政府廣東當局的注意。
10 月初，兩廣總督開始了對三洲田起義軍圍剿，鄭士良急電孫中山速予接濟。此時，孫中山並未籌備好，複電暫時解散。
但是這邊已是箭在弦上不得不發，於是又電孫中山，準備起義兵沿海東上，直逼廣州，再一次敦促孫中山接應。
10 月8 日，鄭士良先發製人，派統將黃福帶領敢死隊八十人夜裏突襲清軍的先頭部隊，打死了四十多人，俘虜三十多人。