1915 年12 月，袁世凱宣布改次年為洪憲元年，建立“中華帝國”，準備即皇帝位。1916 年元旦，袁世凱稱帝。
在此前的11 月，被袁世凱監視的蔡鍔，在梁啟超的讚助下潛出北京。12 月，蔡鍔趕赴雲南，聯絡唐繼堯、李烈鈞於25 日通電討袁，宣布雲南獨立，成立護國軍，並且號召各省同時起義。
正在日本的孫中山，從報紙上看到袁世凱稱帝的消息後，也十分震驚和氣憤，指示宋慶齡馬上給廣東的朱執信、上海的陳其美發電報，讓他們立即揭竿而起，武裝討袁，響應雲南起義；同時給蔡鍔、李烈鈞發電報，預祝他們起義成功。
護國軍出兵四川、貴州、兩廣，貴州、廣西先後獨立。袁世凱派兵入川鎮壓，不能取勝，被迫於1916 年3 月22 日取消帝製，但仍然保留大總統職位，要求停戰。
5 月，岑春煊、梁啟超在廣東肇慶設軍務院，提出以袁世凱去位為媾和條件。四川、湖南相繼宣布獨立。北洋軍將領馮國璋（直係）、段祺瑞（皖係），不肯為袁世凱作戰。
6 月，孫中山從國外回到上海，發表第二次《討袁宣言》，開展反袁鬥爭。
6 月6 日，袁世凱在全國人民的聲討中憂懼病死。
此後，進步黨聯絡西南各省實力派，勾結北洋軍閥段祺瑞，以黎元洪繼任總統、恢複國會為條件，結束了護國運動。
黎元洪、段祺瑞彼此爭權奪利。在1917 年第一次世界大戰期間，以段祺瑞為首的親日派，為擴充實力，主張對德國宣戰；以黎元洪為首的親英美派，則利用國會支持，表示反對。5 月，段祺瑞指使督軍團強迫國會通過宣戰案未遂，要求解散國會，又組織所謂“公民團”包圍國會。黎元洪下令將段祺瑞免職。
段祺瑞在天津設軍務總參謀處，策劃武力倒黎。時稱“府（總統府）院（國務院）之爭”。