新學期即將到來，西南聯大在昆明西北三分寺附近購置了100 多畝地，建蓋了100 多間教室和宿舍。雖然校舍比較簡陋，但總算能夠滿足集中辦學的需求了。於是，蒙自分校的師生們紛紛搬回了昆明上課。
9 月3 日，朱自清一家也從蒙自搬回了昆明。然而，突如其來的災難再次打亂了西南聯大的開學計劃。9 月28 日，昆明遭到日機空襲，西南聯大租借的教職員宿舍都被炸毀了，死傷者無數，其中還有少數學生。朱自清親眼看到無數死者橫臥地上，場麵異常慘烈。
但是，日軍暴行並未讓西南聯大師生們感到膽怯。為了更好地肩負起時代使命，彰顯師生對抗戰必勝的決心，學校在10月初成立了編寫校歌委員會。羅庸、朱自清、聞一多、馮友蘭等都是該會的成員，幾經錘煉之後，一曲莊嚴凝重卻又**氣回腸的《西南聯大校歌》寫成了：
萬裏長征，辭卻了五朝宮闕。暫駐足衡山湘水，又成離別。絕徼移栽楨幹質，九州遍灑黎元血。盡笳吹弦誦在山城，情彌切。
千秋恥，終當雪，中興業，須人傑。便一成三戶，壯懷難折。多難殷憂新國運，動心忍性希前哲。待驅除仇寇複神京，還燕碣。
在師生們的共同努力下，學校漸漸步入正軌。11 月8 日新學期正式開始了。這學期朱自清開講“文學批評”一課，由準備充分，材料豐富，所以這門課深受學生們的歡迎。雖然不時要遭受敵機的突然轟炸，生活上也很是艱難，可是在教上朱自清還是本著一貫認真的精神，他絕不會因生活動亂而半點馬虎。
朱自清連日都忙於指導學生選課，批改學生作業，因此每天都要堅持到夜裏12 點以後才能休息。有一次，由於飲不慎，朱自清得了嚴重的痢疾，但是考慮到已經答應學生第天上課要發作文，他還是決定連夜批改了學生們的文章。