海頓如果去巴黎，他一定會感到很快樂，雖然他沒能成行，這也是他的幸運。他的體力已經大不如前了，從1800年春天開始，他的健康情形就不容樂觀了。4月初，海頓被風濕性頭痛所困，臥病在床，病情十分嚴重，醫生也對他的複原不再抱希望。到4月底時，海頓的身體卻慢慢有了起色，不過還是複原得很慢。整個夏天海頓都感到疲倦和無精打采，直到8月2日，他才能寫信給朋友，告訴他，他覺得好一點了。
這一次的病比前幾年要嚴重得多，這並不奇怪，事實上，他的病拖到現在才發作，才是值得慶幸的，因為海頓做的事太多了，他甚至想經商，做自己的出版人。他想這麽做，顯然是聽了範·斯維騰的建議，因為斯維騰認為通過商業公司出版《創世紀》是不體麵的。他自己收集訂購清唱劇樂譜的訂單，許多時候，甚至不厭其煩地親自回信。
海頓常常感到要做的事情太多了，因此顧不上衰退的體力，辛苦支撐著。現在，他幾乎集中了全部的精力在創作上。薩爾茲堡的莫紮特紀念館保存了一份有趣的文件，叫做《海頓先生的每日作息表》（可能是艾斯勒所寫），使大家知道了海頓的一些生活細節。它是這樣寫的：
夏天的時候，海頓每天早上六點半起床，然後刮臉，直到73歲他都是自己動手。接著他開始穿衣服，如果這時候學生來了，他就一邊穿衣服，一邊聽學生彈琴。海頓總是能立即指出學生的錯誤，並安排新的功課，這差不多要用去一個半小時的時間。
八點整，早餐就要準備好。吃完早餐後，海頓馬上坐在鋼琴上，寫一些曲子的草稿，一般是從八點到十一點半。
接著，海頓接見客人，或者出去散步，到下午一點半。
午餐時間是兩點到三點，之後，海頓先生會做點家事，或者重新埋頭於音樂中。他大概會花三四個小時的時間謄寫上午的草稿。