1860年1月30日，路易斯獲得科學院頒授實驗生理學獎。有位著名的生理學家宣布頒獎理由說：“巴斯德先生的酒精發酵、乳酸發酵以及有關酒石酸的發酵等研究，在科學界獲得很高的評價。這種研究成果，在生理學上具有重大的意義。本院評審委員一致同意頒給巴斯德先生實驗生理學獎。”
路易斯有關發酵的研究經過非常有趣。他發現了引起發酵的酵母，對其習性也作了觀察，並且連帶引發了一個疑問：“這種微生物從什麽地方來的呢？”為了繼續探討這一問題，他又著手進行生物自然發生說的研究。
生物自然發生說是一種學說，認為生物是自然發生的，這種說法，早在希臘時代就有了。例如，蛆是自己湧生出來的說法，自古以來，人們都深信不疑。
17世紀初，有位意大利的醫生懷疑這種說法，用實驗證明蛆不是自然發生的，他的實驗方法如下：兩片大小和種類相同的肉片，將一片**，另一片蓋上紗布。肉片腐敗後不久，暴露的肉片有蛆出現，蓋有紗布的肉片隻是腐敗而沒有蛆。也就是說，蠅受肉香引誘而產下了卵，但是產在紗布上的卵，因養分不足，長不出蛆。
因此，蛆是蠅卵長成的事實已經明白了，認為生物是自然地發生的學說勢必被否定。可是，17世紀末，顯微鏡發明之後，這一學說又盛行起來了。
用顯微鏡觀察取自水窪處的一滴水，可見到其中有多得令人驚異的小生物在遊動。這些小的生物，究竟是從哪裏來的呢？一定是自然發生的，許多人都這麽認為。
與蛆的情形不同，這些以顯微鏡才能見到的微小生物的問題麻煩多了。熱鬧而激烈的爭論雖也發生過，但是沒有確實的證據足以支持或推翻這一學說，因此，問題一直懸而未決。
法國學者普歇，在做了種種實驗之後，於1858年12月發表論文，斷言“生物自然發生是可能的”。