1864年，路易斯被邀請到故鄉阿爾布瓦鎮，調查葡萄酒腐敗的原因。
阿爾布瓦是葡萄酒的著名產地。鎮裏的釀造業者，正因為釀造中的葡萄酒在桶內酸敗的事情層出不窮而大為困惑，所以聯名請求路易斯調查原因，他們將提供研究所需的費用。
路易斯立刻同意接受了這項工作，但他卻拒絕收受研究費。因為研究的結果怎麽樣，還不得而知。
那個年代，釀造中的葡萄酒，變得酸酸、黏黏的或苦苦的，以致失敗的事情時有發生。這種葡萄酒的病被稱為異常發酵，路易斯對異常發酵極感興趣，早在1863年他就開始研究了。他認為葡萄酒的異常發酵，很可能是某種微生物引起的，是微生物的孢子落入葡萄酒中，生長繁殖的結果。於是，路易斯用顯微鏡仔細觀察，所得的結論是：葡萄酒的腐敗，確實與一種奇怪的微生物的存在、繁殖有關。
既然阿爾布瓦鎮誠懇邀請，路易斯就利用暑假回到阿爾布瓦。
預定做實驗用的地方，是在小鎮入口的一家老咖啡店。之前，穿行於街道的農夫、馬車夫和旅客等經常到店裏休息飲食，現在已經沒什麽客人，店已停業，成為空房子了。
路易斯和助手們一起到那裏，把必要的研究設備安排妥當。這些裝備，都是委托阿爾布瓦鎮內的木匠、鈑金師、鐵匠等製造的，既粗糙又難看。
看到路易斯的實驗設備的鎮民們，都顯出一副失望的神情。他們小聲交談著，開始議論路易斯和助手們。
路易斯所憑借的有力“武器”是一架顯微鏡。對路易斯來說，顯微鏡是最值得信賴的“武器”。他借著顯微鏡研究，知道葡萄酒的腐敗，是由於一種莫名的微生物在酒內繁殖所引起的。保持葡萄酒不致腐敗，隻要不讓“壞”孢子繁殖就可以了。但是該怎樣做呢？這是個很棘手的問題。