回到巴黎的路易斯，開始著手於當時已成為問題的炭疽病的研究。
炭疽病是牛、羊、馬等易患的可怕疾病。之前好好的牛、羊、馬，突然顫抖、鼻口流血，不久就會死掉。從發病到死亡時間極短，牧羊人對其察覺的時間都沒有，等到察覺了，牛、羊、馬也已經死了。
在法國，每年都有很多家畜因這種病而死亡，這讓畜牧業受到很大的損害。有些地方，死於炭疽病的羊群占全體的1/4或1/3，有的甚至高達半數。
容易發生炭疽病的地方，常被稱為“炭疽地方”、“被咒的原野”、“被咒的山”等，使畜牧業者避之唯恐不及。
更厲害的是，人類也受到這種病的感染。牧羊人、肉商、鞣革工人等處理家畜的人，往往由於小小的擦傷就會引起惡性腫瘍，並因此丟掉性命。
這麽可怕的炭疽病，到底是怎麽發生的呢？
檢查因炭疽病死亡的動物的血液，可以看到小棒狀或絲狀的東西。
有位名叫達威恩的獸醫，讀到了路易斯有關酵母菌發酵的論文，因而推想：“病血中見到的奇妙東西，可能像酵母菌一樣地活動，在血液內繁殖，而成為炭疽病的原因。”小棒狀的東西如果是炭疽病的致病原因，那麽，將因炭疽病死亡的動物血液，輸到健康動物的身上，該動物也應會生炭疽病而死亡的。
達威恩據此實驗的結果，健康動物在輸入病血後果然發病死亡，屍體血液中又發現了小棒狀的東西。
達威恩將小棒狀物命名為“細菌”，並宣布說：“炭疽病和‘細菌’有關係，已經不容置疑了。”
不過，有兩位軍醫學校的教授依此實驗，結果健康動物死了，但屍體血液中並沒有發現“細菌”。所以，他們斷言：“炭疽病並不是由於‘細菌’引起的。”並表示反對。
達威恩重做實驗，然後宣布：“兩位反對論者所輸入的，是炭疽病以外的東西。”