協助路易斯研究炭疽病的兩位助手是尚貝爾蘭和魯。
路易斯本想和他們一起去炭疽病的嚴重受災地區，調查清楚炭疽病的傳染情形，從而設計種種實驗計劃，但是由於爭論不休，這些計劃被擱置下來。
傳染病和化膿症的真正原因是微生物，雖然經由路易斯的實驗予以證明，但是醫生們仍頑固地不予承認，依然主張所有的病是自然發生的，他們繼續攻擊路易斯。
經過路易斯和李斯特確立的殺菌法，實際上救了很多人的生命，有極為優越的成效，不過這些人故意忽視這一事實。
他說：“把引起所有傳染病和化膿症的各種微生物都找出來，使醫生們承認我的學說是正確的，這樣才能拯救更多的病人。”因此，他跑到醫院繼續研究。
癤是一種非常頑強的腫瘡。路易斯在膿裏麵發現了癤的病原微生物。他又在某醫院裏，從一位患骨髓炎的少女的病骨內取出一點膿，用顯微鏡去檢查，結果發現膿裏的微生物和癤的病原體相同。所以路易斯確認了骨髓炎和癤的病因是相同的。
路易斯又在檢查婦女產後易患的產褥熱的原因時，在膿液裏發現了連鎖狀的或念珠狀的微生物。這樣，被稱為連鎖狀球菌、葡萄狀球菌等的化膿菌，被路易斯發現了。
在病院裏的研究工作並不愉快，尤其是看到患者接受手術或屍體的解剖，更是讓路易斯感覺不舒服。他有好幾次逃出醫院，但到了第二天，又到醫院去了。
對科學的摯愛，以及對人類的愛心使他不能退卻。為了使科學進步，為了保護人類免受疾病的侵害，他寧願付出全部。
路易斯對炭疽病的研究，很有耐心地持續下去，後來他終於了解了炭疽病的傳染方式。
因為炭疽病而死亡的動物屍體，不是當場棄置就是埋進土裏，屍體血液中的炭疽病菌開始形成孢子，於是，幾千萬、幾億的孢子散布到地麵或附著在草上。