1684年12月，牛頓終於下決心開始寫作《原理》一書，這本書的正式名稱是《自然哲學的數學原理》。
牛頓下定了決心之後，托格蘭瑟姆中學校長給自己找了一位秘書，從此就和威金斯分開，跟這位名叫漢弗萊·牛頓的秘書一起生活了。
巴羅教授和奧爾登伯格秘書相繼去世，真正能認識牛頓的研究價值，而鼓勵他發表的隻有哈雷一人。但是，皇家學會裏麵最有勢力的人是格林尼治天文台台長約翰·弗蘭斯提德，他卻極度討厭牛頓。因此科學史上最偉大的名著《原理》的出版並不是很順利。
在三一學院的房間裏，一個衣著邋遢、背著手，不停地踱來踱去的男人似乎沉浸在思考中。另一個服裝整齊的男人，手握鵝毛筆，端坐在書桌前奮筆疾書。
“老師，三明治已經送來，紅茶都快冷了。”被稱為老師的是牛頓，拿筆的是他的秘書漢弗萊·牛頓。他們正在進行《原理》一書的寫作。
踱著方步的牛頓把三明治拿到嘴邊接著又放下了。拿筆的漢弗萊則以極快的速度大口嚼著三明治，灌了口紅茶。牛頓像喃喃自語般地嚅動著嘴唇。
“以歐幾裏得幾何學為模範，來整理物理學看看吧。”
“請再說一次，老師。” 漢弗萊沒聽清楚牛頓在說什麽。
“不，不，這個不必記。”
“既然要寫成書是為了讓更多的人看得懂，盡量避免使用微積分吧。”牛頓又講了句漢弗萊聽不清的話，因為他的腳步聲特別大。
“老師，請再大聲一點。”
“不，剛才講的不必記。”牛頓一麵低頭沉思一麵繼續踱著方步。
“老師，您可以邊吃邊說。”
“不是吃過了嗎?”牛頓感到很奇怪。看到秘書推到桌子一端的空盤、空杯，使他發生了錯覺。
“在本文的開始先寫哲學推理的規則一，接下去是規則二……總而言之，同種現象該是由於同樣原因發生的。”過了一會兒，牛頓繼續說下去：“規則三，物體的性質中，所有物體均具有且不能加強和減弱的，應視為所有物體的共同性質。”