1775年，傑斐遜被選入“大陸議會”，他動身趕往費城，並在6月21日抵達。此時華盛頓剛剛被推舉為“大陸軍”的最高統帥。華盛頓曾經盡力推辭過統帥的職務而沒有成功，他表示十分不願離開自己的家，怎奈大家都很相信他的能力，要把重任托付給他，也許這是命中注定要他替國人服務，希望自己接受了這個職務之後，能夠不辜負國人的期望。華盛頓比傑斐遜大11歲，是傑斐遜心目中的英雄，他在對法國人與印第安人的戰爭中，出生入死，戰績驕人。當華盛頓帶著一個分隊的民兵動身前往波士頓時，傑斐遜曾騎馬相送，一路上為華盛頓鼓號，場麵很是感人。
傑斐遜在這個時候，第一次成為革命的核心人物之一。他有幸見到了本傑明·富蘭克林、約翰·亞當斯、約翰·漢考克，還有許多議會裏的元老。
羅得島州的代表塞繆爾·沃德眼中的傑斐遜看起來很通達，聰慧而又優雅，從他所寫的那本《論武裝的必要》（《概述》）小冊子中就能看出來。後來，傑斐遜與富蘭克林、約翰·亞當斯共同起草“雷諾茲爵士建議和解的會議決議案”。傑斐遜和富蘭克林一樣，幾乎從來不參加公開的辯論，但是他的才能仍然讓很多人佩服。
傑斐遜這時32歲，是“大陸議會”裏第二年輕的。自此他仍舊勤奮不懈，但是他仍會感覺自己無足輕重，但是比他大的同僚們卻不這麽認為。約翰·亞當斯在1775年10月25日的日記上說：“傑斐遜十分特殊，他曾學過法文、意大利文、西班牙文，又想學德文。傑斐遜在議會裏以他的文學和科學的素養著稱，而且還善於寫作，他在議會上的談話中，表現得十分敏捷、真誠、坦白而又果斷……因此他深深抓住了我的心。”從此他倆就展開了政治史上一段感人的友情。
1775年年初時，傑斐遜的政治熱情度突然變得搖擺不定，並且在1776年9月2日辭去國會的職務。當傑斐遜回到家中的時候，隻有18個月大的小女兒剛好不幸死去，這更使他不忍心離開愛妻。雖然佩頓·倫道夫等人的妻子都隨著丈夫長途跋涉，來到革命的中心地，傑斐遜卻深深知道自己妻子的身體一直不是很好，而沿海英軍的進攻，發生戰事的可能性很大，不能叫她陪著自己上費城去。結果妻子瑪莎到妹妹伊麗莎白·埃普斯的家中住了幾星期，她家在查爾斯城，比蒙特沙羅更靠近海，更靠近英國戰艦。在如此傷心的時刻，她沒有尋求丈夫的安慰，反倒去求助妹妹，很可能她對費城的事情和費城所代表的意義，絲毫沒有興趣。