從1781年6月傑斐遜逃難到卡特山到這一年的9月底，這四個月的時間裏，傑斐遜已經著手著作一本書，書名為《弗吉尼亞紀事》。1955年，威廉·皮登把這本書加以注解出版了，並評價這本書可能是1785年以前一本最重要的科學和政治方麵的書籍，是美國最早的不朽著作與智慧結晶的裏程碑之一。
在這四個月裏，妻子瑪莎再度懷孕了，所以傑斐遜在整整九個月的時間內，除了到裏士滿的弗吉尼亞議會為自己的名譽辯護而離開妻子兩星期之外，其他時間都一步不離地陪伴著她。
在白楊林的前幾個星期之中，傑斐遜開始回答法朗沙·得·巴貝·馬巴有關弗吉尼亞情形的21個問題。就為了這個，他在1780年的11月就開始收集資料。這些回答後來形成了一篇篇的短文，所寫的細枝末節又擴展成為章節，到最後他所寫的東西變成了一本書，它不再僅是《弗吉尼亞紀事》了，它同時也是《托馬斯·傑斐遜紀事》。傑斐遜在這本書中記述的有彊界、河流、海港、人口、礦產、蔬菜以及動物等，並且他還進一步討論了教士的專橫、公眾教育的必要、黑人的本質、印第安人的源起，以及他們複雜的語言結構，甚至包括了弗吉尼亞的建築等主題。他認為弗吉尼亞與美國息息相關，它的社會和政治期望就是全美國的社會、政治期望，更重要的是傑斐遜此刻已經把自己和弗吉尼亞合為一體，並與它榮辱與共了。
傑斐遜在寫這部書的時候，盡可能讓它變得精確萬分，盡可能表現出自己的學識淵博與深謀遠慮，但是此書中也包括很多自己的怨歎和憤怒，個人主見十分鮮明而突出，所以傑斐遜當初並沒有打算出版。
1781年12月20日，傑斐遜送給了朋友一本，並形容這部書一點也不完美，除了證明對朋友的尊重之外，一無是處。但1785年在巴黎時，由於朋友一再鼓勵，傑斐遜終於答應出書，但是這本經過了修正、補充的書，也隻不過出了兩百本而已，傑斐遜還拒絕在書上印上自己的名字，怕因為此書而引起議會和其他領導人物甚至國人的不愉快，他隻是從巴黎秘密地給在美國的朋友寄過幾本，其餘的都燒掉了。一個人要燒毀自己的著作，一定是對它的內容感到十分矛盾和猶疑。傑斐遜不隻是對自己所寫的東西的價值不確定，他同時也害怕他所論述的關於宗教和奴隸的問題會引起強烈的反應。1785年，為了防止法國出版商的盜印，他同意翻譯成法文出版，並隻許在書上印上自己名字的縮寫。等到印刷完畢之後，他越來越覺得如果《紀事》一旦在法國出版，難免會被翻譯回英文在英國和美國出版，那倒不如以原來的麵目示人。因此，他與倫敦的約翰·史多得訂下和約，讓他在英國出書，並且首次把名字印在書上。