當時，傑斐遜與亞當斯、漢密爾頓以及麥迪遜這四人跟隨著華盛頓，給人眾星捧月的感覺。後來等到傑斐遜從巴黎孤立了五年之後歸來，發現華盛頓最親密的人的位子完全輪不到自己了，漢密爾頓已經成為華盛頓的心腹和文書助理。不過麥迪遜還是那個一如既往地信任著傑斐遜並為他不時地獻計獻策，是他最親密的政壇盟友，也是最熱心為他辯護的人。
傑斐遜和亞當斯以及漢密爾頓三人的政治、經濟觀點總會不同，常常因為治國的方式與國家的經濟問題而爭論不休，後來他們三個甚至對於基本人性的看法都出現迥異了。以前，他們曾在對抗喬治三世的革命戰爭中並肩作戰，稱兄道弟，而現在外在矛盾解決了，華盛頓的“權臣們”也開始為了爭寵奪權而相互鬥爭。
1790年5月，華盛頓感染了肺炎，正在死亡的邊緣掙紮，雖然傑斐遜說他已經度過危險期，正在繼續康複中，他們現在已經從完全絕望的狀態中轉為充滿希望。當然，有些話是說給別人聽的，傑斐遜的絕望也是真的。盡管在法國的時候對亞當斯很有好感，但他也絕不會眼看著副總統的亞當斯取代華盛頓的地位。而漢密爾頓在此時卻猜忌的不是亞當斯，是傑斐遜自己。
不光是華盛頓，任何政治圈內的人都應該明白，總統的繼任問題是整個國家安定與否的一項重大測驗。在第一任任期屆滿的時候，華盛頓因為年事已高、體力衰退而不能再繼任下一屆總統，到1792年的秋天， 每個有希望的繼任候選人都開始爆發激烈的衝突和鬥爭，甚至於最後都公開對陣叫罵了。
傑斐遜與亞當斯首先衝突了起來。此時傑斐遜擔任美國國務卿還未滿15個月。身為副總統的亞當斯，匿名寫了一係列的文章，討論美國的政治曆史，並在1790年發表於《美國公報》之上。傑斐遜看後馬上就認出了作者是亞當斯。讓傑斐遜感覺緊張的是亞當斯認為總統人選不應以競爭的方式產生，害怕分散國人的注意力與感情以至於發生內戰。但是傑斐遜和麥迪遜卻認為選舉製度下，黨派分立是必要的。