1794年1月，傑斐遜卸甲歸田，在蒙特沙羅過上了隱居生活，直到1797年的2月他才離開此地趕往費城去擔任副總統，這三年的時光，是傑斐遜一生中最讓人捉摸不透的一段時期，很多人認為傑斐遜實在是太累了，而且一直都向往田園生活，但是更有人覺得他隻是在耍噱頭，故意裝出來的。
在這三年之中，薩莉·赫明斯在1795年的10月5日和1796年生了兩個女兒。傑斐遜確實在這段時間裏把政治完完全全放下了，他隱居後不久就不再訂閱報紙，而且對外的通信也大大減少了。傑斐遜覺得田園的生活幽靜而又甜美，讓人心曠神怡，備感舒適，他的身體也一直處在很健康的狀態，而且在權力感上也感到十分滿意。在蒙特沙羅，他就是主宰，而且沒有任何對手跟他爭奪權力，家裏的親人和奴隸們也總會把關愛和崇敬傾注在他一個人身上。
在他剛剛退隱的時候，女兒瑪莎和丈夫由於忙於家裏的事情隻是偶爾會來，朋友們也隻在夏天的時候才會過來聚會，所以傑斐遜多半的時間都是跟他的一百多名的黑奴一起生活的。1794年，好友麥迪遜結婚了，在第二年的春天他帶著妻子到蒙特沙羅來拜訪傑斐遜，這讓他十分欣喜和欣慰。
在傑斐遜歸隱的第一年中，他辛勤地在農田工作。為了恢複土壤的肥沃度，傑斐遜設計了一套精密的輪作方法。他建造了一個小型的釘子工廠，年輕的奴隸們每天可以生產一萬枚釘子，這給他帶來了大量的他所需要的錢。不過後來卻碰上來自英國的廉價釘子到美國大量傾銷，奪走了他的市場。而在這一年，傑斐遜的《園藝簿》又開始記載了。傑斐遜計劃著把自己的1500英畝的粗地，變成修整有序的英國鄉村風景。
1795年，傑斐遜收到了兩封瑪麗亞的來信，這讓傑斐遜覺得很意外。不過信中她也沒有提什麽特別的，隻說自己已經回到了英國。後來傑斐遜過了六個多月才回信，說他現在已經完完全全成為了田園的農夫，並說他此時的生活就像伊甸園裏的生活。