鄭成功收複台灣的這一年，也是他生命的最後一年。當年的五月他就病逝了，正值39歲的英年。鄭成功的去世，雖然是因為對台灣的水土不服以及長年作戰勞累生病所致，但深究的話，君亡、父死、子亂都是導致他如此年輕就去世的原因。
鄭成功在南京之役中失敗的原因之一，是圍剿李定國軍隊的南下清軍及時趕回來增援駐守南京的清軍。在此之前，李定國的西南戰場連連敗退，永曆帝被清軍逼到緬甸。後來，明朝降將吳三桂攻入緬甸，永曆帝被俘，就在這年的一月被絞死在昆明。鄭成功得知永曆帝的死訊後，悲憤萬分，恨透了清政府。
同是這年的一月，清政府看到鄭成功已經退守台灣，很難依靠武力打敗他，而且他又拒不投降，留下鄭芝龍已經毫無用處了，就幹脆把鄭芝龍及抓獲的鄭家人都處死了。處死鄭芝龍的地方就是北京的“柴市”，也就是宋朝文天祥殉國的地方。
不久，在台灣的鄭成功就得到了北京傳來的消息，知道父親被害，全家無一幸免。雖然這是意料中的事，但是身為人子，得知父親死訊，像是萬箭穿心，簡直痛不欲生。鄭成功沉痛地向大陸方向大聲喊道：“父親，如果您當初聽我的勸告不要投降，怎會有今天的殺身之禍呢？您當初為何輕信他們，否則也不至於身死異鄉，不得善終啊。”所有的鄭家軍都隨著鄭成功披麻戴孝，向鄭芝龍的亡靈祭拜。
父親被殺害後，鄭成功與清政府不僅有國仇，還有家恨，因此他決定忘記悲痛，努力擴充自己的實力。鄭成功是一個非常積極的人，不論遭遇到任何艱危險阻或處於任何的逆境，他總是充滿了雄圖壯誌，絕不灰心喪誌，向環境低頭。
鄭成功收複台灣後，打算發展海島貿易。第一步就是與現在的菲律賓通商，因此他先派了使者到那去。鄭成功希望能夠取得更多東南亞邊緣的島嶼後再向北向南發展，成就一個更壯大的海上勢力。