肯尼迪中尉與PT–109魚雷艇共同生活的日子，到此已經結束，但戰爭仍未停止。由於背部的傷勢，上級打算把肯尼迪中尉送到到美國中部去休養，但他拒絕了上級的好意，反而要求擔任另一艘PT艇的艇長。他的要求終於被接納，而與新成員們共同開始PT–59的生活。
成為PT–59新艇長的肯尼迪中尉，仍像以前那麽盡職盡責。有次為了搭救被日軍包圍的美國海軍，經過一番苦鬥，最後在他那艘小魚雷艇上，搭載了五六十位海軍人員，成功地完成任務。在這些被救出來的海軍人員中，有一位是軍醫，後來這位軍醫從新聞上得知那位曾經搭救他們的魚雷艇艇長，就是現在的總統時，幾乎令他不敢相信。肯尼迪擔任PT–59艇長不過兩三個月，就因為背部傷勢惡化，同時又染上了瘧疾，不得不回到國內休養。
這一年的12月，肯尼迪告別了PT–59的船員們，回到國內，暫時在魚雷艇訓練中心擔任教練的工作。一直到1944年春天，才進入海軍醫院，先後接受了兩次背部手術。到夏天的時候，肯尼迪還沒有痊愈，仍在繼續治療中，好在這醫院就在海恩尼附近，每逢周末，醫院就準許他回家休息。
8月初的一個周末，肯尼迪躺在自己的房間，回想起一年前在南太平洋遇險時的情形，他自言自語地說：“對了，這場戰爭結束後，我一定要把PT–109那些生死與共的戰友們，請到海恩尼別墅來玩玩。”
正當他這樣懷念以前的戰友們時，有兩位天主教的神父，前來拜訪肯尼迪家族的主人——約瑟夫。由於肯尼迪家都是虔誠的天主教徒，因此常會有神父來訪。但是，今天這兩位神父表情凝重，好像與平常不同。約瑟夫將這兩位神父請進書房，似乎隻談了短短的幾句話，幾分鍾之後，這兩位神父就告辭了，站在門口送客的約瑟夫臉色非常難看。究竟什麽樣的重大消息讓遇事沉著、從不輕易動搖的約瑟夫神情大變呢？