人種問題在美國的內政問題中是一個最敏感也最棘手的問題。人們對美國的黑人問題都很熟悉，在這裏我們僅簡單地談一下在肯尼迪總統任期內發生的兩個影響較大的騷亂事件。
1962年10月初，一位名叫傑姆斯·馬拉第斯的黑人學生想進入密西西比州立大學念書，結果引起反對黑人者的強烈不滿，在傑姆斯入學當天發生了一場騷亂。有些極端的人種歧視者非常頑固，無論是學校、餐廳還是交通工具都實行嚴格的黑白分離政策，他們對傑姆斯的入學更是想盡辦法阻攔，口誅筆伐之外，甚至有些暴徒混進密西西比州立大學內準備鬧事。
作為密西西比州州長巴瑞特，在麵對這種情況下，曾經下令本州的軍隊出動鎮壓，可是臨時又改變主意予以撤回。當時傑姆斯仍身陷校園中，沒有人能想象到將會發生什麽樣的事情。肯尼迪總統與司法部長羅伯特，不斷地和巴瑞特州長保持聯係。巴瑞特在電話中向總統求救說：“最好想辦法把傑姆斯從校園裏帶出來，否則我無法保護他的安全。”
肯尼迪總統聽到州長說出這樣的話，指示他說：“請你聽著，州長，在這場騷亂平靜之前，我不允許把任何人移到另一個地方去。你沒有盡到你應盡的職責，不是嗎？”
“可是，我不是正在這裏力圖挽救嗎？”
“不，你根本沒有盡全力，最有力的證據就是校園裏連一名州警察都沒有，如此怎麽會不發生危險？你必須完成你分內的職責！”說到這裏，總統不高興地掛上電話。
結果，這場騷亂最後還是由肯尼迪總統下令出動聯邦軍隊才得以解決。不過，肯尼迪的本意並不希望采取這種手段，他希望最好可以不動用軍力，而是通過州政府以合法、理性的和平方式把問題解決。
肯尼迪冷靜而又理性的處理，終於使激動的反對派人士逐漸平靜下來。最後，傑姆斯終能如願以償進入密西西比州立大學，不過每天都有保安人員陪著他上學、放學。值得欣慰的是，其後傑姆斯再也沒有受到騷擾。