沉船事件過了兩三個星期之後，傑克才回到哈佛大學繼續他未完成的學業，算來他離開哈佛已半年有餘了。這時的傑克已經是22歲的高年級學生。在過去的半年中，他為了幫助父親到處奔波，這種體驗給予他新的印象與信心。
回到學校後，傑克開始擔心起自己的功課。為了追趕落後半年多的功課，傑克比其他的學生更用功，準備更多的講義，可是他一點都不覺得辛苦。由於對功課的態度重視了，傑克的成績提升很快，以前成績是C的科目，如今都是B，有的甚至還拿到A。
當時指導傑克的教授們對傑克評價說：“肯尼迪從倫敦回來以後，好像變了一個人似的，長大了也穩重了，他的智力比以前成熟，反應也比較敏銳。”這時，傑克正在積極準備他的畢業論文。
在這段期間，傑克每天都到學校圖書館去查看英國國會及外交部的記錄，同時也仔細地閱讀英國報紙和經濟雜誌。他常常工作到很晚，托比雖然偶爾會邀請傑克去參加派對，但傑克多半都拒絕了。1940年初春，傑克終於完成了這部苦心撰寫的論文，送請指導教授審閱。
嚴格地說，這到底還是學生的畢業論文，有些地方用詞不當，整篇文章的結構也不是很成熟，而且有的地方敘述得太繁瑣，但就整體而言，仍然是一篇好論文。這篇論文給指導教授印象最深的是：傑克已能夠用成熟、冷靜的眼光來觀察事情。
美國什麽時候卷入這次歐洲的動亂，沒有人知道。在美國國內，有人主張應該參戰，也有人極力反對。總之，大家都懷著惴惴不安的心情，注視著大西洋彼岸的形勢變化。1940年6月，傑克在這種動**不安的世界局勢中，從哈佛大學畢業。畢業典禮的一切程序都是依照慣例進行，傑克的母親和妹妹們都趕來參加他的畢業典禮。