愷撒一向軍紀嚴明，此次率軍回國，主要是向龐培興師問罪，所以一路上秋毫無犯，百姓們也很擁護他，使他兵不血刃，在短期內就占領了意大利北部的許多城鎮。
愷撒大軍開進了羅馬，城裏一片寧靜，沒有絲毫騷亂跡象。老百姓知道愷撒此來是向龐培和元老院興師問罪，不會影響他們的生活，這使愷撒非常欣慰。他清點國庫，並貼出安民告示。龐培的黨羽都跟著他逃亡去了，留下來的官員，愷撒讓他們恢複原職。愷撒羅馬人民見到這位雖是貴族出身，卻處處為平民著想的愷撒如今又重回羅馬，內心裏除了擁戴以外，更有一份熱望和期待。
龐培放棄意大利後，寄希望於他的海上部隊和隸屬於羅馬的東方各國國王、部落顯貴，企圖從希臘組織反攻。他在那裏集合了11個軍團、7000騎兵以及由600艘戰艦組成的艦隊。同時，龐培派駐西班牙的兩個將領在西班牙擁有重兵，仍不時從海上運送給養接濟龐培，使得龐培頑強抗拒，不肯與愷撒言和。愷撒決心來個釜底抽薪之計，使得龐培的接濟中斷，然後再來對付他。
就在當年的六月，愷撒親自率兵進入西班牙去攻擊龐培派駐的守軍，八月間，終於將之擊敗，主將阿富拉紐斯和培特留斯先後投降，愷撒收編了大部分的叛軍。
公元前49年12月，羅馬的議會一致決議將政權全部交給愷撒，並推舉他為獨裁官。但是愷撒主動放棄獨裁官的地位，而和賽維萊斯及依薩利庫斯共同擔任執政官，以保持羅馬傳統的政治精神，這是他第二次擔任執政官。
愷撒固然是一位親民愛民的政治家，但他更是一位卓越的軍事將領，具有無人可及的軍事才能。
龐培雖然已經逃到了南方，但愷撒始終覺得如芒在背，寢食難安，龐培一日不除，國家就難望統一。他和賽維萊斯及伊薩利庫斯商議對策，當下決定，羅馬暫時交由賽維萊斯及伊薩利庫斯共同管理，自己則率領軍隊去討伐龐培。