法薩羅一戰龐培雖然被擊敗，但龐培的船艦未曾受到損害，仍然活躍在海上。
愷撒一麵命令部下清理戰場，一麵收編龐培的殘部。愷撒對這些人也沒有絲毫的歧視，仍然授予他們原有的官階和待遇，使他們感恩戴德，短短的幾天內，前來歸順的人多達兩三萬人。從這件事看來，愷撒並不是一個有勇無謀的人，他的成功絕非偶然。
愷撒事先已經打聽到龐培逃往埃及的消息，十月初，他乘船追到了埃及。他本以為可以在埃及和這位政敵相遇，卻沒有想到，當他抵達亞曆山大港時，龐培已經遭到埃及人的毒手了。
當伯狄諾斯向他呈獻龐培的首級時，他轉過頭去，不忍心看。雖然龐培是他的敵人，但是一位蓋世英雄竟然落得如此下場，愷撒心裏的滋味很不好受。
愷撒立即命人將龐培的首級厚葬，至於流亡埃及的龐培的親友、眷屬全部釋放。
當時的埃及是由托勒密十三世和他的姐姐克裏奧佩特拉（公元前69年—前30年）共同執政。不過，他們姐弟之間常起爭執，那些奸佞之輩便乘機進讒弄權。由於托勒密年僅17歲，少不更事，當然容易聽信讒言。姐姐克裏奧佩特拉比他大一歲，生得非常美麗，而且頗具才幹，遇事果斷，能辨忠奸，使得那些權臣們惴惴不安，於是千方百計地想將她去之而後快。最後，她終於被廢，被逐出宮外去了。
克裏奧佩特拉不但美麗動人、風度嫻雅，而且深諳曆史、文學和哲學，她會說希臘語、埃及語、敘利亞等多種語言，據說也曾經寫過幾篇著作，一篇是討論埃及的度量製度和錢幣等有關問題，另一篇是談論化妝術。
她確實是一位頗具才幹的統治者，而且也深深了解埃及是無法脫離羅馬而獨立的，因此，有心拉攏這位炙手可熱的羅馬將軍愷撒。不料，她的理想還未能實現，反被逐出宮門。