隨著身體的越來越差，林則徐退隱的念頭就越強烈，他曾因病向朝廷請求告老還鄉，但是沒有得到批準，朝廷隻答應給他三個月的假期，然後派他代替李星沅，出任雲貴總督，林則徐又要一路舟車顛簸地去西南。
雲南是少數民族聚居之處，這些少數民族大多都民風彪悍，但是卻經常被倚仗官勢的漢人欺負，漢族和少數民族之間積怨已久，很難和平相處。數十年來，各族與漢族互不通婚，甚至經常發生鬥毆事件，動輒就有命案發生。地方官麵對這種局麵也是束手無策，結果事情越鬧越大，終於在道光二十五年（1845年），爆發了永昌回民被殺的慘案，這就是林則徐到達雲南之前的大體狀況。
事情的起因是有個叫馬大的回民，唱曲譏諷漢民，結果遭到漢人群起而攻之，連清真寺也沒能幸免。事後漢人雖然已賠了錢，但是依舊糾紛不斷。奉旨查辦此事的官員羅天池和恒文處理不當，竟然縱容官兵大開殺戒，不分男女老幼，殺了4000多名回民，使得衝突升級，造成了悲劇。恒文的家丁黃潰更是乘機擄走了杜文秀的未婚妻，鬧得四處腥風血雨。
永昌發生了這樣的慘案，道光皇帝得知後十分震怒，立刻將雲貴總督降為河南布政使，雲貴總督改由李星沅繼任。但是事態依舊沒有多少好轉，隨後李星沅又被調任兩江總督，林則徐繼而成為了雲貴總督，來收拾這個爛攤子。
漢回之間的仇恨由來已久，冤冤相報，其中的是非曲直很難判斷，林則徐秉承著公正嚴明的態度，采用攻心策略，“不問漢回，隻問良莠”。漢、回皆是國家的子民，對於朝廷來講沒有分別。百姓隻分盜匪和良民，而沒有漢回之分。以往出兵時總是聲稱剿辦回匪，這本身就很不公平。
當地地方官處理亂事的辦法，顯得既低能又昏庸，殺了那麽多的回民，實在是駭人聽聞。林則徐認為從根本上解決問題，就要澄清吏治，他向來的主張就是“從政之道，察吏為先”，這次是漢人官員行為不當，更應該從此入手，為百姓找一位能幹而心存仁義和公正的好官。通過在接見屬下時的細心考察，他竭力推舉張亮基，認為此人不但幹練，而且很有操守，為官廉潔。在當時，封疆大吏舉薦的人才一般都會被起用，但是如果此人出現了什麽失誤，那保舉的人也會受牽連，林則徐對這個人很有信心，相信他會成為棟梁之才。果然，張亮基從當永昌知縣起就一路升遷，不久就出任雲南按察使，一年後升為雲南巡撫，四個月後就成為了新任雲貴總督，不負林則徐的一番栽培。