巡撫的工作千頭萬緒非常繁瑣，但林則徐卻毫不畏懼，下定決心全力以赴把它做好。他擔任巡撫後的第一個舉措就是整頓吏治。在這項工作中，林則徐秉承著一個原則，那就是諸葛亮的“明賞罰”。林則徐對日常的考績非常認真，對考績和披閱試卷的評語寫得也是十分仔細，把它作為賞罰的標準。
為了避免因一時的印象而產生偏見，林則徐還格外注重長期的考察，隨時觀察屬下並暗自做記錄。除了他自己的觀點外，他還會廣泛征求大家的意見，綜合考量後才下定論。在此可以比較一下總督陶澍和林則徐的評語，以武進的縣官姚瑩為例，陶澍的評語寫道：“精勤卓練，有為有守。”而林則徐給他的評語是：“學問優長，所至於山川形勢，民情利弊，無不悉心講求，故能洞悉物情，遇事確有把握。前在閩者，聞其曆著政聲，自到江南，曆試河工、漕務、詞訟聽斷，皆能辦理裕如，武進士民，至今畏而受之。”相比之下，林則徐的評語更能讓朝廷判斷出這個人是不是一個合格的官員。林則徐一直力求公正，毫無私心，贏得了大家的尊重。
另一個讓林則徐覺得有改革必要的，就是科舉考試。江蘇是個人口大省，每次科舉考試都是人頭攢動，擁擠混亂。而由於試卷太多，主考官閱卷時也時常應付了事。對於很多寒窗苦讀多年的學子們來說是十分不公平的。
林則徐首先開始想辦法改善科場的秩序，讓一切都變得井然有序，就連考場衛生和考生們的飲食情況都十分關心。之前考場沒有專門的茅廁，考生隻能在院邊牆角隨處便溺，不到一會兒工夫就臭氣熏天，蚊蠅群集。林則徐再也無法忍受這種不堪入目的場麵，竭力改善這種環境。林則徐還親自查看科場內賣的飯菜以及糕餅點心，甚至有時不放心還要親口嚐一嚐，讓那些學子們很感動。