中部地區的遠征任務一結束，秀吉立即下令大軍向京都進發，討伐叛賊明智光秀。1萬餘將士，從備中到備前，再經岡山城，一路向京都疾行。6月11日，秀吉軍的先鋒已到達尼崎。於是，一直按兵不動、靜觀情勢的諸將領陸陸續續率軍加入秀吉的陣營，其中有高山右近、中川瀨兵衛、池田信輝等人。行至澱川附近時，地方上的武士，又20人、30人地加入討伐軍，使全軍人數超過2萬。
13日黎明，秀吉的旗幟——金葫蘆，在陽光下閃閃發光。先鋒部隊已經向天王山東方的一支明智軍攻擊。秀吉見時機已經成熟，向全軍下達了總攻擊的命令。明智光秀在本能寺殺死信長之後，如狂風般席卷了信長駐守的安土城及秀吉的長濱城，並聚集各地不甘屈服於織田信長的武士們返回京都，以逸待勞，準備擊潰遠來的秀吉軍。先是在天王山，雙方火槍隊猛烈交火，槍聲一停，雙方同時麵對麵衝鋒，展開了一場瘋狂的浴血戰。
這場戰役中，堀尾茂助不負竹中半兵衛的苦心栽培，身先士卒，揮舞十字形長槍，如入無人之境，向天王山頂的明智軍猛衝。太陽升起來了，耀眼的陽光照射在天王山坡道上，草叢中、鬆樹下、岩石陰影中到處是屍體。不久，山頂上傳來話聲，說：“占領了！堀尾茂助吉晴占領了天王山！”
呼喊聲引起了山穀的回音，也引起了秀吉軍的歡呼。高昂的士氣之下，下午3時秀吉軍完全占領了天王山。將大本營推動到山崎八幡宮的秀吉，傳令全軍，要在圓明寺川決戰。圓明寺川長滿了蘆葦。明智軍左翼與秀吉軍右翼，隔河對峙。
過了一會兒，兩軍齊喊衝向河中，河水四濺，兩軍就在河中央展開了正麵衝突。但見血肉橫飛，河水被鮮血染紅了。士氣高昂的秀吉軍，一波又一波的突破明智軍馳上了東岸。東岸遍地竹林，埋伏在竹林中的明智軍，發動猛烈的反擊。夕陽西下，天邊一片血紅。這一場決戰，從下午4時一直持續到下午7時，誓言擊滅叛賊的秀吉軍，終因士氣旺盛而壓倒了明智軍。明智軍潰敗。