西藏有一條諺語說：自己做的青稞酒，再苦也得喝下去。這些日子裏，桑結甲措就是在大口大口地喝著十四年來自己釀造的苦酒。
轉眼到了第二年正月，康熙皇帝命他回奏的限期已經到了，他隻好硬著頭皮給皇帝寫了一封密奏信：
“眾生不幸，第五世達賴喇嘛於壬戌年示寂，他轉生的淨體今年已經十五歲了。當時因為擔心西藏的民眾由此而發生動亂，所以沒敢發喪。現在應當請新達賴坐床了，時間想放在藏曆十月二十五日宗喀巴圓寂的紀念日。懇求大皇帝暫時不要宣布或泄露出去。至於班禪，是因為還沒有出過天花，所以才沒有敢應召去京。濟隆已經畏罪潛逃到康巴地區去了，尚不知藏在何處，我已經沒收了他在拉薩的產業，以後當竭力把他捕送到北京去，到時候乞求皇上能保全他作為一個受過佛戒的人的性命……”[1]
桑結甲措把密奏寫好之後，選派了心腹之人尼瑪塘夏仲等，連日趕送京城。
他急等著皇帝的批複。能否得到寬恕，吉凶尚難預料，他的心緒日夜不得安寧。隻是有兩點可以使他得到些許的寬慰：一點是噶爾丹畢竟還在人世，不無死灰複燃的希望；另一點是那個五世達賴的轉世靈童，早已在他的掌握之中，必要時就可以立起這根新的支柱。作為一個政治家，他對今日出現的危機形勢是有過預測、有過準備的，不然，可就一籌莫展了。
他雖然不願意設想自己有下台的可能，更不敢揣測有掉腦袋的一天，但是在等待皇帝批複的時日裏他能做些什麽呢？不知怎的，他產生了整理自己的著作的念頭。說幹就幹，於是埋頭改訂起他的手稿來，以此來強行排遣內心的憂慮與惶恐。在已經完成的幾部著作中，他比較滿意的是《五世達賴靈塔記》和《五世達賴詩箋》；再就是關於曆算方麵的《白琉璃》，關於醫藥方麵的《藍琉璃》，關於寺廟方麵的《黃琉璃》。如果有時間，他還準備寫文史和法典方麵的文章以流傳後世。不過，他畢竟不可能把主要精力用在這種事情上，因為生前的顯赫比身後的榮耀對他有著更大的吸引力，攫取權力比留下著作更為重要。不然他就不會是一個毀譽不已的第巴，而是一位更有成就的學者了。