卻說刁協走死，劉隗奔往後趙。王敦並非不聞，本來君側已清，理應入朝謝罪，收兵還鎮，但敦是個蜂目豺聲的忍人，既已起事，怎肯就此罷休？當下據住石頭，按兵不朝，明明是脅迫元帝，誌在橫行。元帝無法抵製，隻得令公卿百官，統往石頭，勸令罷兵。敦盛氣相見，不待百官開口，便先問戴淵道：“前日交戰，君尚有餘力否？”淵聽了此語，暗暗吃驚，勉強接口道：“怎敢有餘，但苦不足。”敦又問道：“我今為此事，天下以為何如？”淵答道：“但論形跡，未免指公為逆，若體誠心，應該諒公為忠。”模棱語恐不足欺奸。敦冷笑道：“卿也好算是能言了。”又顧周顗道：“伯仁！汝未免負我。”顗抗聲道：“公興兵犯順，下官親率六軍，不能盡職，終致王師挫敗，這原是有負公心呢。”敦被顗譏嘲，倒也無詞可答，但召入王導，屏人與語道：“老弟不用我言，險些兒滅族了。”導答道：“兄亦太覺孟浪，今日僥幸得誌，還是祖宗的蔭庇，得休便休，幸勿太過。”敦掀髯道：“弟為何這般膽小？刁劉餘黨，尚列朝廷，還須除去數人。且主子由我等推戴，怎得疑忌我家？就使主位不移，也當有一番改革，方免後憂。”導又道：“但教朝廷悔禍，不再加忌，我兄弟長得安全，也好趁此罷手了。”可見導當時心術。敦尚是搖首，導乃退出。原來元帝即位時，敦忌帝年長，意欲另立幼君，以便專政，獨導不肯依敦，所以敦有此雲雲。
導出與百官商議一番，還白元帝，百官承導意旨，當然不敢斥敦，但請元帝頒發赦書，並加王敦官爵，傷令退兵。元帝無可如何，隻得下詔大赦，進王敦為丞相，都督中外諸軍，錄尚書事，封武昌郡公，領江州牧，使太常荀崧齎冊詣敦，敦語荀崧道：“我此來不望升官，唯欲為國家除患，一切封爵，我不願受，煩卿繳還便了。”實是無君，非特偽讓而已。崧申勸數語，敦終不聽，乃辭歸複命。敦又召集百官，議廢太子，呼中庶子溫嶠至前，厲聲詰問道：“太子有何德望？卿侍東宮，理應深知。古人有言：‘事父母幾諫。’主上有過，不聞太子諫阻，難道尚得稱孝麽？”嶠從容答道：“鉤深致遠，非淺見所能窺，據嶠看來，太子實是賢孝，就是公來輦下，亦未聞東宮抗議，貽誤國家，怎見他不從中幾諫哩？”大眾亦隨聲附和，齊稱太子有道，說得敦無可辯駁，不得不自發自收，含糊過去。百官乃複還朝。