皇帝都偏閹黨，早先朝廷官員中一些被東林黨人排擠的的官員立即轉向，紛紛投奔到魏忠賢的腳下。
職位空缺出來後，都察院和吏部的人按照以往的慣例，擬定陳於廷和楊漣擔任代理主官，上報送到天啟皇帝那裏，他一下就火了，才罷免了兩位東林官員，推薦的兩位官員居然又是東林黨人，這不是明白著結黨營私麽？於是直接將兩院部上奏的人選不發，下詔讓各個部門的人另外推舉一下人選。
推選的工作由吏部侍郎陳於廷主持，他把部門中的人選按照資曆排列了一遍，決定推選資曆最老的人，這樣的人經驗豐富，可以獨立擔當重任，想來想去，就推選了喬允升等幾個人作為備選，讓皇帝定奪，這麽一來，皇帝就應該沒有意見了。但是皇帝對這批推舉的人不怎麽熟悉，不好決定，於是就問自己身邊最親近的魏公公，這是些什麽人？魏忠賢不緊不慢的說，回皇上，這些都也是東林派官員。
皇帝一聽，人都炸了，這不是完全把他不放在眼裏當猴耍？十月二十八日，天啟下嚴旨，痛斥都察院和吏部長期以來被權勢人物所控製，認為吏部和都察院實際上已經自成一派，不受領導，已經完全成為一個獨立的部落，並對會推的人選提出了疑問？為何還是趙南星擬定的人，他在聖旨中點了陳於廷、楊漣、左光鬥三人，欽定了“鉗製眾正，抗旨徇私”的罪名，並認為就是這三人冥頑無恥，將其革職，貶為庶民。
從這樣的話語中，皇帝和東林黨人似乎已經鬧翻了，但這樣的聖旨到底是不是出於皇帝的本意還有待思考，天啟並不太關心朝政，自己也抱著多一事不如少一事的想法，以便於自己可以騰出更多的時間和精力弄在自己的工藝發明上，這個處罰可能就是矯詔，但處罰還是要執行，聖旨讓楊漣和左光鬥兩位正直忠良的官員寒心，他們為朱由校能繼承大統可以說是嘔心瀝血，將自己的生死都置之度外，確保了他順利的登上了帝位。而現在不僅沒有得到一點應有的尊重，反而皇帝還要將其一腳踢開，哀莫大如心死，你為他鞠躬盡瘁死而後已，卻得到革職這樣慘痛的結局。